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Research

Publications of Molecular Genetics

2018

Halliday, G. C. ; Junckerstorff, R. C. ; Bentel, J. M. ; Miles, A. ; Jones, D. ; Hovestadt, V. ; Capper, D. ; Endersby, R. ; Cole, C. H. ; van Hagen, T. ; Gottardo, N. G.
The case for DNA methylation based molecular profiling to improve diagnostic accuracy for central nervous system embryonal tumors (not otherwise specified) in adults.
Journal of clinical neuroscience 47, 163 - 167 (2018) [10.1016/j.jocn.2017.09.013]2018 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Wolf, C. (First author) ; Garding, A. ; Filarsky, K. ; Bahlo, J. ; Robrecht, S. ; Becker, N. ; Zucknick, M. ; Rouhi, A. ; Weigel, A. ; Claus, R. ; Weichenhan, D. ; Eichhorst, B. ; Fischer, K. ; Hallek, M. ; Kuchenbauer, F. ; Plass, C. ; Döhner, H. ; Stilgenbauer, S. ; Lichter, P. ; Mertens, D. (Last author)
NFATC1 activation by DNA hypomethylation in chronic lymphocytic leukemia correlates with clinical staging and can be inhibited by ibrutinib.
International journal of cancer 142(2), 322 - 333 (2018) [10.1002/ijc.31057]2018 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Borozan, I. ; Zapatka, M. ; Frappier, L. ; Ferretti, V.
Analysis of Epstein-Barr Virus Genomes and Expression Profiles in Gastric Adenocarcinoma.
Journal of virology 92(2), e01239-17 - (2018) [10.1128/JVI.01239-17]2018 pmc Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Rücker, F. G. ; Dolnik, A. ; Blätte, T. J. ; Teleanu, V. ; Ernst, A. ; Thol, F. ; Heuser, M. ; Ganser, A. ; Döhner, H. ; Döhner, K. ; Bullinger, L.
Chromothripsis is linked to TP53 alteration, cell cycle impairment, and dismal outcome in acute myeloid leukemia with complex karyotype.
Haematologica 103(1), e17 - e20 (2018) [10.3324/haematol.2017.180497]2018 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Chudasama, P. (First author) ; Mughal, S. S. (First author) ; Sanders, M. A. ; Hübschmann, D. (First author) ; Chung, I. ; Deeg, K. ; Wong, S.-H. ; Rabe, S. ; Hlevnjak, M. ; Zapatka, M. ; Ernst, A. ; Kleinheinz, K. ; Schlesner, M. ; Sieverling, L. ; Klink, B. ; Schröck, E. ; Hoogenboezem, R. M. ; Kasper, B. ; Heilig, C. E. ; Egerer, G. ; Wolf, S. ; von Kalle, C. ; Eils, R. ; Stenzinger, A. ; Weichert, W. ; Glimm, H. ; Gröschel, S. ; Kopp, H.-G. ; Omlor, G. ; Lehner, B. ; Bauer, S. ; Schimmack, S. ; Ulrich, A. ; Mechtersheimer, G. ; Rippe, K. ; Brors, B. ; Hutter, B. ; Renner, M. ; Hohenberger, P. ; Scholl, C. ; Fröhling, S. (Last author)
Integrative genomic and transcriptomic analysis of leiomyosarcoma.
Nature Communications 9(1), 144 (2018) [10.1038/s41467-017-02602-0]2018 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Dietrich, S. (First author) ; Ole?, M. ; Lu, J. ; et al
Drug-perturbation-based stratification of blood cancer.
The journal of clinical investigation 128(1), 427 - 445 (2018) [10.1172/JCI93801]2018 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Mack, S. C. ; Pajtler, K. (First author) ; Chavez, L. (First author) ; et al
Therapeutic targeting of ependymoma as informed by oncogenic enhancer profiling.
Nature <London> 553(7686), 101 - 105 (2018) [10.1038/nature25169]2018 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Habib, R. ; Neitzel, H. ; Ernst, A. ; Wong, J. K. L. ; Goryluk-Kozakiewicz, B. ; Gerlach, A. ; Demuth, I. ; Sperling, K. ; Chrzanowska, K.
Evidence for a pre-malignant cell line in a skin biopsy from a patient with Nijmegen breakage syndrome.
Molecular cytogenetics 11(1), 17 (2018) [10.1186/s13039-018-0364-6]2018 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Capper, D. (First author) ; Jones, D. (First author) ; Sill, M. (First author) ; et al
DNA methylation-based classification of central nervous system tumours.
Nature <London> 555(7697), 469 - 474 (2018) [10.1038/nature26000]2018 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Dürr, C. (First author) ; Hanna, B. ; Schulz, A. ; Lucas, F. ; Zucknick, M. ; Benner, A. ; Clear, A. ; Ohl, S. ; Öztürk, S. ; Zenz, T. ; Stilgenbauer, S. ; Li-Weber, M. ; Krammer, P. ; Gribben, J. G. ; Lichter, P. ; Seiffert, M. (Last author)
Tumor necrosis factor receptor signaling is a driver of chronic lymphocytic leukemia that can be therapeutically targeted by the flavonoid wogonin.
Haematologica 103(4), 688 - 697 (2018) [10.3324/haematol.2017.177808]2018 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Gröbner, S. (First author) ; Worst, B. (First author) ; Weischenfeldt, J. ; et al
The landscape of genomic alterations across childhood cancers.
Nature <London> 555(7696), 321 - 327 (2018) [10.1038/nature25480]2018 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Gómez, S. ; Garrido-Garcia, A. ; Garcia-Gerique, L. ; Lemos, I. ; Suñol, M. ; de Torres, C. ; Kulis, M. ; Pérez-Jaume, S. ; Carcaboso, Á. M. ; Luu, B. ; Kieran, M. W. ; Jabado, N. ; Kozlenkov, A. ; Dracheva, S. ; Ramaswamy, V. ; Hovestadt, V. ; Johann, P. ; Jones, D. ; Pfister, S. ; Morales La Madrid, A. ; Cruz, O. ; Taylor, M. D. ; Martin-Subero, J.-I. ; Mora, J. ; Lavarino, C.
A Novel Method for Rapid Molecular Subgrouping of Medulloblastoma.
Clinical cancer research 24(6), 1355 - 1363 (2018) [10.1158/1078-0432.CCR-17-2243]2018 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Borozan, I. ; Zapatka, M. ; Frappier, L. ; Ferretti, V.
Correction for Borozan et al., 'Analysis of Epstein-Barr Virus Genomes and Expression Profiles in Gastric Adenocarcinoma'.
Journal of virology 92(10), e00330-18 - (2018) [10.1128/JVI.00330-18]2018 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Trogden, K. P. ; Battaglia, R. A. ; Kabiraj, P. ; Madden, V. J. ; Herrmann, H. ; Snider, N. T.
An image-based small-molecule screen identifies vimentin as a pharmacologically relevant target of simvastatin in cancer cells.
The FASEB journal 32(5), 2841 - 2854 (2018) [10.1096/fj.201700663R]2018 pmc Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Mücke, N. (First author) ; Kämmerer, L. ; Winheim, S. ; Kirmse, R. ; Krieger, J. W. ; Mildenberger, M. ; Baßler, J. ; Hurt, E. ; Goldmann, W. H. ; Aebi, U. ; Toth, K. ; Langowski, J. ; Herrmann, H. (Last author)
Assembly Kinetics of Vimentin Tetramers to Unit-Length Filaments: A Stopped-Flow Study.
Biophysical journal 114(10), 2408 - 2418 (2018) [10.1016/j.bpj.2018.04.032]2018 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Robinson, G. W. ; Rudneva, V. A. ; Buchhalter, I. ; Billups, C. A. ; Waszak, S. M. ; Smith, K. S. ; Bowers, D. C. ; Bendel, A. ; Fisher, P. G. ; Partap, S. ; Crawford, J. R. ; Hassall, T. ; Indelicato, D. J. ; Boop, F. ; Klimo, P. ; Sabin, N. D. ; Patay, Z. ; Merchant, T. E. ; Stewart, C. F. ; Orr, B. A. ; Korbel, J. O. ; Jones, D. ; Sharma, T. ; Lichter, P. ; Kool, M. ; Korshunov, A. ; Pfister, S. ; Gilbertson, R. J. ; Sanders, R. P. ; Onar-Thomas, A. ; Ellison, D. W. ; Gajjar, A. ; Northcott, P. A.
Risk-adapted therapy for young children with medulloblastoma (SJYC07): therapeutic and molecular outcomes from a multicentre, phase 2 trial.
The lancet <London> / Oncology 19(6), 768 - 784 (2018) [10.1016/S1470-2045(18)30204-3]2018 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Waszak, S. M. ; Northcott, P. A. (First author) ; Buchhalter, I. ; et al
Spectrum and prevalence of genetic predisposition in medulloblastoma: a retrospective genetic study and prospective validation in a clinical trial cohort.
The lancet <London> / Oncology 19(6), 785 - 798 (2018) [10.1016/S1470-2045(18)30242-0]2018 pmc Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Arseni, L. (First author) ; Lombardi, A. ; Orioli, D.
From Structure to Phenotype: Impact of Collagen Alterations on Human Health.
International journal of molecular sciences 19(5), 1407 (2018) [10.3390/ijms19051407]2018 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Korshunov, A. (First author) ; Sahm, F. ; Stichel, D. ; Schrimpf, D. ; Ryzhova, M. ; Zheludkova, O. ; Golanov, A. ; Lichter, P. ; Jones, D. ; von Deimling, A. ; Pfister, S. ; Kool, M. (Last author)
Molecular characterization of medulloblastomas with extensive nodularity (MBEN).
Acta neuropathologica 136(2), 303 - 313 (2018) [10.1007/s00401-018-1840-0]2018 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Reinhardt, A. (First author) ; Stichel, D. ; Schrimpf, D. ; et al
Anaplastic astrocytoma with piloid features, a novel molecular class of IDH wildtype glioma with recurrent MAPK pathway, CDKN2A/B and ATRX alterations.
Acta neuropathologica 136(2), 273 - 291 (2018) [10.1007/s00401-018-1837-8]2018 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Sexton-Oates, A. ; Dodgshun, A. ; Hovestadt, V. ; Jones, D. ; Ashley, D. M. ; Sullivan, M. ; MacGregor, D. ; Saffery, R.
Methylation profiling of paediatric pilocytic astrocytoma reveals variants specifically associated with tumour location and predictive of recurrence.
Molecular oncology 12(8), 1219 - 1232 (2018) [10.1002/1878-0261.12062]2018 pmc Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Snuderl, M. ; Kannan, K. ; Pfaff, E. ; Wang, S. ; Stafford, J. M. ; Serrano, J. ; Heguy, A. ; Ray, K. ; Faustin, A. ; Aminova, O. ; Dolgalev, I. ; Stapleton, S. L. ; Zagzag, D. ; Chiriboga, L. ; Gardner, S. L. ; Wisoff, J. H. ; Golfinos, J. G. ; Capper, D. ; Hovestadt, V. ; Rosenblum, M. K. ; Placantonakis, D. G. ; LeBoeuf, S. E. ; Papagiannakopoulos, T. Y. ; Chavez, L. ; Ahsan, S. ; Eberhart, C. G. ; Pfister, S. ; Jones, D. ; Karajannis, M. A.
Recurrent homozygous deletion of DROSHA and microduplication of PDE4DIP in pineoblastoma.
Nature Communications 9(1), 2868 (2018) [10.1038/s41467-018-05029-3]2018 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Wirthschaft, P. (First author) ; Bode, J. ; Simon, A. ; Hoffmann, E. ; van Laack, R. ; Krüwel, T. ; Dietrich, F. ; Bucher, D. ; Hahn, A. ; Sahm, F. ; Breckwoldt, M. ; Kurz, F. T. ; Hielscher, T. ; Fischer, B. ; Dross, N. ; Ruiz de Almodovar, C. ; von Deimling, A. ; Herold-Mende, C. ; Plass, C. ; Boulant, S. ; Wiestler, B. P. O. ; Reifenberger, G. ; Lichter, P. ; Wick, W. ; Tews, B. (Last author)
A PRDX1-p38? heterodimer amplifies MET-driven invasion of IDH-wildtype and IDH-mutant gliomas.
International journal of cancer 143(5), 1176 - 1187 (2018) [10.1002/ijc.31404]2018 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Yakoub, A. M. ; Schulz, R. ; Seiffert, M. ; Sadek, M.
Autoantigen-Harboring Apoptotic Cells Hijack the Coinhibitory Pathway of T Cell Activation.
Scientific reports 8(1), 10533 (2018) [10.1038/s41598-018-28901-0]2018 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Bayindir-Buchhalter, I. (First author) ; Wolff, G. ; Lerch, S. ; Sijmonsma, T. ; Schuster, M. ; Gronych, J. ; Billeter, A. T. ; Babaei, R. ; Krunic, D. ; Ketscher, L. ; Spielmann, N. ; Hrabe de Angelis, M. ; Ruas, J. L. ; Müller-Stich, B. P. ; Heikenwalder, M. ; Lichter, P. ; Herzig, S. ; Vegiopoulos, A. (Last author)
Cited4 is a sex-biased mediator of the antidiabetic glitazone response in adipocyte progenitors.
EMBO molecular medicine 10(8), e8613 (2018) [10.15252/emmm.201708613]2018 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Feng, W. (First author) ; Herbst, L. (First author) ; Lichter, P. ; Pfister, S. ; Liu, H.-K. ; Kawauchi, D. (Last author)
CRISPR-mediated Loss of Function Analysis in Cerebellar Granule Cells Using In Utero Electroporation-based Gene Transfer.
Journal of visualized experiments 9(136), 57311 (2018) [10.3791/57311]2018 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Maass, K. (First author) ; Rosing, F. ; Ronchi, P. ; Willmund, K. ; Devens, F. ; Hergt, M. ; Herrmann, H. ; Lichter, P. ; Ernst, A. (Last author)
Altered nuclear envelope structure and proteasome function of micronuclei.
Experimental cell research 371(2), 353 - 363 (2018) [10.1016/j.yexcr.2018.08.029]2018 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Golde, T. ; Huster, C. ; Glaser, M. ; Händler, T. ; Herrmann, H. ; Käs, J. A. ; Schnauß, J.
Glassy dynamics in composite biopolymer networks.
Soft matter 14(39), 7970 - 7978 (2018) [10.1039/C8SM01061G]2018 pmc Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Brabetz, S. (First author) ; Leary, S. E. S. ; Gröbner, S. ; Nakamoto, M. W. ; ?eker-Cin, H. ; Girard, E. J. ; Cole, B. ; Strand, A. D. ; Bloom, K. L. ; Hovestadt, V. ; Mack, N. ; Pakiam, F. ; Schwalm, B. ; Korshunov, A. ; Balasubramanian, G. P. ; Northcott, P. A. ; Pedro, K. D. ; Dey, J. ; Hansen, S. ; Ditzler, S. ; Lichter, P. ; Chavez, L. ; Jones, D. ; Koster, J. ; Pfister, S. ; Kool, M. ; Olson, J. M.
A biobank of patient-derived pediatric brain tumor models.
Nature medicine 24(11), 1752 - 1761 (2018) [10.1038/s41591-018-0207-3]2018 Files BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Korshunov, A. (First author) ; Chavez, L. ; Sharma, T. ; Ryzhova, M. ; Schrimpf, D. ; Stichel, D. ; Capper, D. ; Sturm, D. ; Kool, M. ; Habel, A. ; Kleinschmidt-DeMasters, B. K. ; Rosenblum, M. ; Absalyamova, O. ; Golanov, A. ; Lichter, P. ; Pfister, S. ; Jones, D. ; Perry, A. ; von Deimling, A. (Last author)
Epithelioid glioblastomas stratify into established diagnostic subsets upon integrated molecular analysis.
Brain pathology 28(5), 656 - 662 (2018) [10.1111/bpa.12566]2018 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Seiffert, M. (Last author)
Checkpoint inhibition in the bone marrow
Nature biomedical engineering 2(11), 793 - 794 (2018) [10.1038/s41551-018-0319-6]2018 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Ratnaparkhe, M. (First author) ; Wong, J. K. L. ; Wei, P.-C. ; Hlevnjak, M. ; Kolb, T. ; Simovic, M. ; Haag, D. ; Paul, Y. ; Devens, F. ; Northcott, P. ; Jones, D. ; Kool, M. ; Jauch, A. ; Pastorczak, A. ; Mlynarski, W. ; Korshunov, A. ; Kumar, R. ; Downing, S. M. ; Pfister, S. ; Zapatka, M. ; McKinnon, P. J. ; Alt, F. W. ; Lichter, P. ; Ernst, A. (Last author)
Defective DNA damage repair leads to frequent catastrophic genomic events in murine and human tumors.
Nature Communications 9(1), 4760 (2018) [10.1038/s41467-018-06925-4]2018 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Horn, D. ; Gross, M. (First author) ; Dyckhoff, G. ; Fuchs, J. ; Grabe, N. ; Weichert, W. ; Herpel, E. ; Herold-Mende, C. ; Lichter, P. ; Hoffmann, J. ; Hess, J. ; Freier, K.
Cortactin expression: Association with disease progression and survival in oral squamous cell carcinoma.
Head & neck 40(12), 2685-2694 (2018) [10.1002/hed.25515]2018 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Lier, A. ; Penzel, R. ; Heining, C. ; Horak, P. ; Fröhlich, M. ; Uhrig, S. ; Budczies, J. ; Kirchner, M. ; Volckmar, A.-L. ; Hutter, B. ; Kreutzfeldt, S. ; Endris, V. ; Richter, D. ; Wolf, S. ; Pfütze, K. ; Neumann, O. ; Buchhalter, I. ; Morais de Oliveira, C. M. ; Singer, S. ; Leichsenring, J. ; Herpel, E. ; Klauschen, F. ; Jost, P. J. ; Metzeler, K. H. ; Schulze-Osthoff, K. ; Kopp, H.-G. ; Kindler, T. ; Rieke, D. T. ; Lamping, M. ; Brandts, C. ; Falkenhorst, J. ; Bauer, S. ; Schröck, E. ; Folprecht, G. ; Boerries, M. ; von Bubnoff, N. ; Weichert, W. ; Brors, B. ; Lichter, P. ; von Kalle, C. ; Schirmacher, P. ; Glimm, H. (Last author) ; Fröhling, S. (Last author) ; Stenzinger, A.
Validating Comprehensive Next-Generation Sequencing Results for Precision Oncology: The NCT/DKTK Molecularly Aided Stratification for Tumor Eradication Research Experience
JCO precision oncology 2, 1 - 13 (2018) [10.1200/PO.18.00171]2018 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Battaglia, R. A. ; Delic, S. ; Herrmann, H. ; Snider, N. T.
Vimentin on the move: new developments in cell migration.
F1000Research 7, 1796 (2018) [10.12688/f1000research.15967.1]2018 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Lewinsky, H. ; Barak, A. F. ; Huber, V. ; Kramer, M. P. ; Radomir, L. ; Sever, L. ; Orr, I. ; Mirkin, V. ; Dezorella, N. ; Shapiro, M. ; Cohen, Y. ; Shvidel, L. ; Seiffert, M. ; Herishanu, Y. ; Becker-Herman, S. ; Shachar, I.
CD84 regulates PD-1/PD-L1 expression and function in chronic lymphocytic leukemia.
The journal of clinical investigation 128(12), 5465 - 5478 (2018) [10.1172/JCI96610]2018 pmc Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Zuckermann, M. (First author) ; Hlevnjak, M. ; Yazdanparast, H. ; Zapatka, M. ; Jones, D. ; Lichter, P. ; Gronych, J. (Last author)
A novel cloning strategy for one-step assembly of multiplex CRISPR vectors.
Scientific reports 8(1), 17499 (2018) [10.1038/s41598-018-35727-3]2018 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

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