Epigenomik

  • Funktionelle und Strukturelle Genomforschung
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Prof. Dr. Christoph Plass

Abteilungsleiter

Unsere Abteilung erforscht den Beitrag epigenetischer Veränderungen zu Krebs, von der Frage, wie epigenetische Veränderungen das Tumorwachstum fördern, bis hin zur Frage, wie sie Krebstherapien beeinflussen. Nicht-genetische Mechanismen der Therapieresistenz sind auf molekularer Ebene nur unzureichend verstanden und stellen einen ungedeckten klinischen Bedarf dar, den wir in verschiedenen Projekten angehen wollen.

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Unsere Forschung

Die Abteilung für Krebsepigenomik konzentriert sich auf die Integration von epigenomischen, genetischen und transkriptomischen Daten, um epigenomische Veränderungen zu entschlüsseln, die zu bösartigen Erkrankungen des Menschen beitragen, wobei der Schwerpunkt auf akuter myeloischer Leukämie, chronischer lymphatischer Leukämie, Brust-, Lungen- und Prostatakrebs liegt. Eine veränderte epigenetische Regulierung der Genexpression durch Veränderungen der DNA-Methylierungsmuster, der Histonmodifikationen und der Positionierung der Nukleosomen wurde als tumorigener Mechanismus bei fast allen bösartigen Erkrankungen des Menschen identifiziert. Die epigenetische Genregulation durch Modulation der Enhancer-Aktivität wird heute als neues Konzept in der Krebsepigenomik anerkannt. Epigenetische Modifikationen verändern nicht die Gensequenz und bieten die vielversprechende Möglichkeit, sie durch Hemmstoffe epigenetischer Enzyme rückgängig zu machen. Unsere Arbeit stützt sich auf den Einsatz modernster Technologien, einschließlich genomweiter epigenomischer Profilerstellung gereinigter Zelltypen unter Verwendung von Low-Input-Protokollen, Einzelzelltechnologien, Long-Read-Sequenzierung und hochentwickelter computergestützter Analysen von Omics-Daten.

Die weiterführenden Seiten sind derzeit nur auf Englisch verfügbar.

Teams (Englisch)

Lungenkrebs-Epigenomik
Computerbasierte und Einzelzell-Epigenomik
Epigenomik hormonsensitiver Tumore
Krebs-Epigenomik

Mitglieder

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    Prof. Dr. Christoph Plass

    Abteilungsleiter

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  • Porträt einer Frau mit schulterlangen, lockigen, braunen Haaren, die lächelt. Sie trägt ein rotes Oberteil und hat eine schwarze Tasche über der Schulter. Der Hintergrund zeigt unscharfe grüne Elemente, die auf eine natürliche Umgebung hinweisen.

    Susanna Grenner

    Sekretärin

  • Ein Porträt einer lächelnden Frau mit Brille, kurzen blonden Haaren und einer hellen Jacke. Sie trägt ein farbiges Halstuch und steht vor einer grünen Hintergrundkulisse.

    Dr. Clarissa Gerhäuser

    Group Leader Epigenomics of hormone-driven Cancer

  • Eine Frau mit langen, lockigen Haaren und einem freundlichen Lächeln trägt ein rotes Oberteil. Der Hintergrund ist neutral, wodurch der Fokus auf ihrem Gesicht liegt.

    Dr. Maria Llamazares Prada

    Group Leader Lung Cancer Epigenomics

  • Ein junger Mann mit kurzen, braunen Haaren lächelt in die Kamera. Er trägt ein graues T-Shirt mit einer rot gestreiften Brusttasche. Im Hintergrund ist ein neutraler, heller Farbton zu sehen.

    Dr. Michael Scherer

    Group Leader Computational and Single-Cell Epigenomics

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  • Ein freundlicher Mann mit kurzen, grauen Haaren und Brille lächelt in die Kamera. Er trägt ein grünes Hemd und einen schwarzen Mantel. Im Hintergrund sind grüne Pflanzen sichtbar.

    Dr. habil. Dieter Weichenhan

    Senior Scientist

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    Dr. Fiona Brown

    Postdoctoral Researcher

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    Belen Otero Carrasco

  • Mitarbeiterbild

    Maxime de Vrieze

  • Portrait einer Frau mit mittellangen, glatten Haaren. Sie trägt ein hellgraues Hemd mit einem Kragen und einer Schleife. Ihr Gesicht ist neutral und sie schaut direkt in die Kamera. Der Hintergrund ist unifarben und hell.

    Nan Zhang

    Doktorandin

  • Ein lächelndes junges Mädchen mit langen, lockigen Haaren steht vor einem neutralen Hintergrund. Ihr freundlicher Gesichtsausdruck vermittelt eine positive und einladende Stimmung.

    Elena Everatt

    Doktorandin

  • Ein Porträt einer Frau mit lockigem, schwarzem Haar. Sie trägt eine Bluse in Weiß und einen karierten Blazer in neutralen Farbtönen. Die Frau blickt direkt in die Kamera und hat einen freundlichen Ausdruck. Der Hintergrund ist neutral und hell.

    Gizem Altun

    Doktorandin

  • Eine junge Frau mit langen, braunen Haaren lächelt in die Kamera. Sie trägt ein dunkelblaues Oberteil und eine zarte Halskette. Im Hintergrund ist eine grüne Wiese und unscharfe Gebäude zu sehen.

    Kathleen Schlüter

    Doktorandin

  • Ein junger Mann mit schwarzer Jacke lächelt vor einer grünen Gartenlandschaft. Im Hintergrund sind Palmen und architektonische Elemente sichtbar, die auf einen schönen Außenbereich hinweisen.

    Sergio Manzano Sanchez

    Technician

  • Ein Porträt einer Frau mit kurzen, grauen Haaren. Sie trägt eine Brille und ein buntes Oberteil. Die Frau lächelt freundlich in die Kamera, vor einem Hintergrund aus Steinen und Vegetation.

    Marion Bähr

    Technician

  • Eine lächelnde Person mit grauen Haaren und Brille steht vor blühenden Pflanzen. Die Person trägt ein helles Hemd und einen dunklen Pullover. Der Gesichtsausdruck strahlt Freundlichkeit und Offenheit aus.

    Peter Waas

    Technician

  • Ein Mann mit Brille und Kurzhaarschnitt steht vor einem durchscheinenden Vorhang. Er trägt ein helles T-Shirt und schaut direkt in die Kamera. Die Beleuchtung ist weich und создаёт eine ruhige Atmosphäre.

    Oliver Mücke

    Technician

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    Mohamad Chafia

Gesamtes Team

Methoden

Methoden (Englisch)

Ausgewählte Publikationen

2016 - Nat Genet, 48(3):253-264

Progressive epigenetic programming during B cell maturation yields a continuum of disease phenotypes in chronic lymphocytic leukemia

Oakes CC, Seifert M, Assenov Y, Gu L, Przekopowitz M, Ruppert AS, Wang Q, Serva A, Koser S, Brocks D, Lipka D, Bogatyrova O, Mertens D, Zapatka M, Lichter P, Döhner H, Küppers R, Zenz T, Stilgenbauer S, Byrd JC and Plass C

2018 - Cancer Cell 34: 996-1011

Molecular evolution of early-onset prostate cancer identifies molecular risk markers and clinical trajectories

Gerhauser C, Favero F, Risch T, Simon R, Feuerbach L, Assenov Y, Heckmann D, Sidiropoulos N, Waszak SM, Hübschmann D, Urbanucci A, Girma EG, Kuryshev V, Klimczak LJ, Saini N, Stütz AM, Weichenhan D, Böttcher LM, Toth R, Hendriksen JD, Koop C, Lutsik P, Matzk S, Warnatz HJ, Amstislavskiy V, Feuerstein C, Raeder B, Bogatyrova O, Schmitz EM, Hube-Magg C, Kluth M, Huland H, Graefen M, Lawerenz C, Henry GH, Yamaguchi TN, Malewska A, Meiners J, Schilling D, Reisinger E, Eils R, Schlesner M, Strand DW, Bristow RG, Boutros PC, von Kalle C, Gordenin D, Sültmann H, Brors B, Sauter G, Plass C, Yaspo ML, Korbel JO, Schlomm T, Weischenfeldt J

2021 - Nat Commun. 12: 6520

Epigenetic reprogramming of airway macrophages promotes polarization and inflammation in muco-obstructive lung disease

Hey J, Paulsen M, Toth R, Weichenhan D, Butz S, Schatterny J, Liebers R, Lutsik P, Plass C, Mall MA

2023 - Nat Commun. 14: 6731

DNMT and HDAC inhibition induces immunogenic neoantigens from human endogenous retroviral element-derived transcripts

Goyal A, Bauer J, Hey J, Papageorgiou DN, Stepanova E, Daskalakis M, Scheid J, Dubbelaar M, Klimovich B, Schwarz D, Märklin M, Roerden M, Lin Y, Ma T, Mücke O, Rammensee H, Lübbert M, Loayza-Puch F, Krijgsveld J, Walz JS, Plass C

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