Bioinformatik der Genomik und Systemgenetik

  • Funktionelle und Strukturelle Genomforschung
Bild Oliver Stegle

Prof. Dr. Oliver Stegle

Division Head

Unsere Forschungsgruppe entwickelt computergestützte Methoden, um molekulare Variationen zu analysieren und ihre Auswirkungen auf phänotypische Merkmale besser zu verstehen.

Das Bild zeigt eine stilisierte DNA-Helix in der Mitte. Die Helix ist aus Punkten und Linien aufgebaut und vor einem runden, rosa Hintergrund platziert. Sie vermittelt das Thema von Genetik und Datenstrukturen.

Unsere Forschung

Wie beeinflusst unsere Genetik äußere Merkmale und wie verursacht sie Krebs? Wie werden genetische Faktoren und Umweltfaktoren auf verschiedenen molekularen Ebenen integriert, und wie variabel sind molekulare Zustände zwischen einzelnen Zellen?

Wir nutzen statistische Inferenz und maschinelles Lernen als unsere Hauptwerkzeuge, um diese wissenschaftlichen Fragen zu beantworten. Wachsende Stichprobengrößen und technologische Fortschritte erfordern neue analytische Strategien und Werkzeuge, die auf Datensätze mit Millionen von Beobachtungen skalieren und räumliche sowie zeitliche Abhängigkeiten berücksichtigen. Wir entwickeln grundlegende Methoden in Statistik und maschinellem Lernen, darunter effiziente Parameterinferenz in Modellen zur Untersuchung genetischer Assoziationen und Methoden zur Dimensionsreduktion.

Erfahren Sie mehr über unsere Forschungsgruppe unter https://steglelab.org/ 

Forschungsthemen

Das Bild zeigt ein Diagramm mit zwei Hauptabschnitten. Abschnitt a umfasst Module zur Vorhersage von Phänotypen basierend auf Genbeeinträchtigungen. Abschnitt b zeigt, wie annotierte Varianten in eine Gen-Einbettung mit einem Genbeeinträchtigungsscore umgewandelt werden.

Wir entwickeln statistische Methoden, um häufig übersehene Dimensionen der Genotyp-Phänotyp-Beziehung zu analysieren, einschließlich der genetischen Auswirkungen seltener Varianten und indirekter genetischer Effekte.

Team

Wir sind ein interdisziplinäres und internationales Team, das gemeinsam am Deutschen Krebsforschungszentrum (DKFZ) und dem Europäischen Laboratorium für Molekularbiologie (EMBL) in Heidelberg angesiedelt ist. In unserem Team fördern wir Offenheit und Zusammenarbeit und legen Wert auf Freundlichkeit in allem, was wir tun. Wir sind stolz auf jedes einzelne Mitglied und dessen Leistungen und setzen uns mit Begeisterung für die wissenschaftliche Weiterentwicklung unseres Teams ein.

  • Bild Oliver Stegle

    Prof. Dr. Oliver Stegle

    Division Head

  • Mitarbeiterbild

    Rama Abdulhamid

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    Alexander Aivazidis

  • Mitarbeiterbild

    Thibault Bechtler

  • Mitarbeiterbild

    Eva Sabine Blum

  • Mitarbeiterbild

    Dr. Brian Clarke

  • Mitarbeiterbild

    Daniel Dimitrov

  • Mitarbeiterbild

    Kevin Domanegg

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    Jan Gunnar Gleixner

    Doktorand

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    Fritz Donald Hansen

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    John Andrew Hawkins

  • Porträt eines Mannes mit dunklem, kurzen Haar und Vollbart. Er trägt ein weißes Hemd und lächelt freundlich. Der Hintergrund ist unscharf und zeigt eine helle Umgebung, möglicherweise ein Büro.

    Elyas Heidari

    PhD Student

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    Dr. Florian Heyl

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    Dr. Ilia Kats

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    Sameesh Kher

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    Jessica Koski

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    Jonathan Kunz

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    Paul Kägy

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    Dr. Santiago Lago

  • Das Bild zeigt eine kreisförmige Struktur mit orangefarbenen horizontalen Linien im Inneren, die durch dunkle Spitzen unterbrochen sind. Diese Spitzen stellen wahrscheinlich Daten oder Wellenformen dar. Die äußeren Linien sind in verschiedenen Farben angeordnet und bilden einen Rahmen um das zentrale Element.

    Dr. Jusung Lee

    PostDoc

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  • Mitarbeiterbild

    Jiawei Luo

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    Stefanie Mantz

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    Luca Marconato

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    Katharina Mikulik

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    Abdul Moeed

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    Marcel Mück

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    Mani Smaran Nair

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    Alexandra Reith

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    Manu Saraswat

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    Felix Schneider

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    Stefan Schrod

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    Ezgi Sen

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    Danai Vagiaki

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    Florin Walter

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    Dr. Hakime Öztürk

Gesamtes Team

Offene Stellen

Wir sind stets auf der Suche nach neuen Talenten, um unser Team zu verstärken!

Wenn Sie sich für eine Postdoktoranden oder Doktorandenstelle in unserer Gruppe bewerben möchten, verweisen wir Sie auf das DKFZ Postdoctoral Fellowship und das DKFZ International PhD Programme.
Sollten Sie sich nicht über eine der oben genannten spezifischen Ausschreibungen bewerben, können Sie Ihren Lebenslauf, ein Motivationsschreiben und idealerweise 2 Referenzen in einem einzigen PDF direkt an Oliver Stegle senden.

Wir freuen uns außerdem, Ihnen die Möglichkeit zu bieten, Ihre Bachelor- oder Masterarbeit oder ein Praktikum in unserem Labor durchzuführen. Wenn Sie Interesse haben, kontaktieren Sie uns bitte mit einem Lebenslauf und einem auf die Interessen unseres Labors zugeschnittenen Motivationsschreiben.

Eine Gruppe von etwa 30 Personen steht auf einer breiten Treppe vor modernen Gebäuden und einer grünen Landschaft. Die Mitglieder sind in verschiedenen Kleidungsstilen gekleidet und lächeln, während sie für das Gruppenfoto posieren.

Ausgewählte Publikationen

2024 - Nature Genetics

Clarke, B., Holtkamp, E., Öztürk, H., Mück, M., Wahlberg, M., Meyer, K., Munzlinger, F., Brechtmann, F., Hölzlwimmer, F. R., Lindner, J., Chen, Z., Gagneur, J., & Stegle, O.

2024 - Nature Methods

Marconato, L., Palla, G. , Yamauchi, K. A. , Virshup, I., Heidari, E., Treis, T., Toth, M., Shrestha, R. B., Vöhringer, H., Huber, W., Gerstung, M., Moore, J., Theis, F. J. , & Stegle, O.

2022 - Nature Biotechnology

Kleshchevnikov, V., Shmatko, A., Dann, E., Aivazidis, A., King, H. W., Li, T., Elmentaite, R., Lomakin, A., Kedlian, V., Gayoso, A., Jain, M. S., Park, J. S., Ramona, L., Tuck, E., Arutyunyan, A., Vento-Tormo, R., Gerstung, M., James, L., Stegle, O., Bayraktar, O. A.

2022 - Nature Methods

Velten, B., Braunger, J.M., Argelaguet, R., Arnol, D., Wirbel, J., Bredikhin, D., Zeller, G., Stegle, O

2021 - Nature Genetics

Jerber, J., Seaton, D. D., Cuomo, A. S. E., Kumasaka, N., Haldane, J., Steer, J., Patel, M., Pearce, D., Andersson, M., Bonder, M. J., Mountjoy, E., Ghoussaini, M., Lancaster, M. A., Marioni, J. C., Merkle, F. T., Gaffney, D. J., & Stegle, O.

2021 - Nature Genetics

Bonder, M. J., Smail, C., Gloudemans, M. J., Frésard, L., Jakubosky, D., D’Antonio, M., Li, X., Ferraro, N. M., Carcamo-Orive, I., Mirauta, B., Seaton, D. D., Cai, N., Vakili, D., Horta, D., Zhao, C., Zastrow, D. B., Bonner, D. E., Wheeler, M. T., Kilpinen, H., … , Stegle, O.

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Prof. Dr. Oliver Stegle

Division Head
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Eva Sabine Blum

Administrative Assistant
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Kevin Domanegg

Scientific Manager
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