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Research

Publications since 2020

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Pericentromeric satellite lncRNAs are induced in cancer-associated fibroblasts and regulate their functions in lung tumorigenesis.
Cell death & disease 14(1), 19 (2023) [10.1038/s41419-023-05553-1]2023 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Polenkowski, M. ; Allister, A. B. ; Burbano de Lara, S. ; Pierce, A. ; Geary, B. ; El Bounkari, O. ; Wiehlmann, L. ; Hoffmann, A. ; Whetton, A. D. ; Tamura, T. ; Tran, D. D. H.
THOC5 complexes with DDX5, DDX17, and CDK12 to regulate R loop structures and transcription elongation rate.
iScience 26(1), 105784 (2023) [10.1016/j.isci.2022.105784]2023 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Wolf, S. D. ; Ehlting, C. ; Müller-Dott, S. ; Poschmann, G. ; Petzsch, P. ; Lautwein, T. ; Wang, S. ; Helm, B. ; Schilling, M. ; Saez-Rodriguez, J. ; Vucur, M. ; Stühler, K. ; Köhrer, K. ; Tacke, F. ; Dooley, S. ; Klingmüller, U. ; Luedde, T. ; Bode, J. G.
Hepatocytes reprogram liver macrophages involving control of TGF-? activation, influencing liver regeneration and injury.
Hepatology communications 7(8), e0208 (2023) [10.1097/HC9.0000000000000208]2023 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Hammad, S. ; Ogris, C. ; Othman, A. ; Erdoesi, P. ; Schmidt-Heck, W. ; Biermayer, I. ; Helm, B. ; Gao, Y. ; Pioro?ska, W. ; Holland, C. H. ; D'Alessandro, L. A. ; de la Torre, C. ; Sticht, C. ; Al Aoua, S. ; Theis, F. J. ; Bantel, H. ; Ebert, M. P. ; Klingmüller, U. ; Hengstler, J. G. ; Dooley, S. ; Mueller, N. S.
Tolerance of repeated toxic injuries of murine livers is associated with steatosis and inflammation.
Cell death & disease 14(7), 414 (2023) [10.1038/s41419-023-05855-4]2023 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Polenkowski, M. ; Allister, A. B. ; Burbano de Lara, S. ; Soltau, M. ; Kendre, G. ; Tran, D. D. H.
Mapping alternative polyadenylation in human cells using direct RNA sequencing technology.
STAR Protocols 4(3), 102420 (2023) [10.1016/j.xpro.2023.102420]2023 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Samarin, J. (First author) ; Fabrowski, P. (First author) ; Kurilov, R. ; Nuskova, H. ; Hummel-Eisenbeiss, J. ; Pink, H. ; Li, N. ; Weru, V. ; Alborzinia, H. ; Yildiz, U. ; Grob, L. ; Täubert, M. J. ; Czech, M. ; Morgen, M. ; Brandstädter, C. ; Becker, K. ; Mao, L. ; Jayavelu, A. K. ; Goncalves, A. ; Uhrig, U. ; Seiler, J. S. ; Lyu, Y. ; Diederichs, S. ; Klingmüller, U. ; Muckenthaler, M. ; Kopp-Schneider, A. ; Teleman, A. ; Miller, A. ; Gunkel, P. N. (Last author)
Low level of antioxidant capacity biomarkers but not target overexpression predicts vulnerability to ROS-inducing drugs.
Redox Biology 62, 102639 (2023) [10.1016/j.redox.2023.102639]2023 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Heming, S. (First author) ; Hansen, P. (First author) ; Vlasov, A. ; Schwörer, F. ; Schaumann, S. ; Frolovaite, P. ; Lehmann, W.-D. ; Timmer, J. ; Schilling, M. ; Helm, B. (Last author) ; Klingmüller, U. (Last author)
MSPypeline: a python package for streamlined data analysis of mass spectrometry-based proteomics.
Bioinformatics advances 2(1), vbac004 (2022) [10.1093/bioadv/vbac004]2022 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Gegner, H. M. ; Naake, T. ; Dugourd, A. ; Müller, T. ; Czernilofsky, F. ; Kliewer, G. ; Jäger, E. ; Helm, B. ; Kunze-Rohrbach, N. ; Klingmüller, U. ; Hopf, C. ; Müller-Tidow, C. ; Dietrich, S. ; Saez-Rodriguez, J. ; Huber, W. ; Hell, R. ; Poschet, G. ; Krijgsveld, J. (Last author)
Pre-analytical processing of plasma and serum samples for combined proteome and metabolome analysis
Frontiers in molecular biosciences 9, 961448 (2022) [10.3389/fmolb.2022.961448]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Baur, K. ; Abdullah, Y. ; Mandl, C. ; Hölzl-Wenig, G. ; Shi, Y. ; Edelkraut, U. ; Khatri, P. ; Hagenston, A. M. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Ciccolini, F.
A novel stem cell type at the basal side of the subventricular zone maintains adult neurogenesis
EMBO reports 23(9), e54078 (2022) [10.15252/embr.202154078]2022 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Gründing, A. R. ; Schneider, M. A. ; Richtmann, S. ; Kriegsmann, M. ; Winter, H. ; Martinez-Delgado, B. ; Varona, S. ; Liu, B. ; DeLuca, D. S. ; Held, J. ; Wrenger, S. ; Muley, T. ; Meister, M. ; Welte, T. ; Janciauskiene, S.
Lung Adenocarcinoma Cell Sensitivity to Chemotherapies: A Spotlight on Lipid Droplets and SREBF1 Gene.
Cancers 14(18), 4454 (2022) [10.3390/cancers14184454]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Chakraborty, S. (First author) ; Andrieux, G. ; Kastl, P. ; Adlung, L. ; Altamura, S. ; Boehm, M. E. ; Schwarzmüller, L. ; Abdullah, Y. ; Wagner, M.-C. ; Helm, B. ; Gröne, H.-J. ; Lehmann, W.-D. ; Boerries, M. ; Busch, H. ; Muckenthaler, M. U. ; Schilling, M. ; Klingmüller, U. (Last author)
Erythropoietin-driven dynamic proteome adaptations during erythropoiesis prevent iron overload in the developing embryo.
Cell reports 40(12), 111360 (2022) [10.1016/j.celrep.2022.111360]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Dehlke, K. ; Krause, L. ; Tyufekchieva, S. ; Murtha-Lemekhova, A. ; Mayer, P. ; Vlasov, A. ; Klingmüller, U. ; Mueller, N. S. ; Hoffmann, K.
Predicting liver regeneration following major resection.
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Budelmann, D. ; Laue, H. ; Weiss, N. ; Dahmen, U. ; D?Alessandro, L. A. ; Biermayer, I. ; Klingmüller, U. ; Ghallab, A. ; Hassan, R. ; Begher-Tibbe, B. ; Hengstler, J. G. ; Schwen, L. O.
Automated Detection of Portal Fields and Central Veins in Whole-Slide Images of Liver Tissue
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Deciphering signal transduction networks in the liver by mechanistic mathematical modelling.
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Theobald, V. ; Benjamin, N. ; Seyfarth, H.-J. ; Halank, M. ; Schneider, M. A. ; Richtmann, S. ; Hinderhofer, K. ; Xanthouli, P. ; Egenlauf, B. ; Seeger, R. ; Hoeper, M. M. ; Jonigk, D. ; Grünig, E. ; Eichstaedt, C. A.
Reduction of BMPR2 mRNA Expression in Peripheral Blood of Pulmonary Arterial Hypertension Patients: A Marker for Disease Severity?
Genes 13(5), 759 (2022) [10.3390/genes13050759]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Polenkowski, M. ; Burbano de Lara, S. (First author) ; Allister, A. B. ; Nguyen, T. N. Q. ; Tamura, T. ; Tran, D. D. H.
Identification of Novel Micropeptides Derived from Hepatocellular Carcinoma-Specific Long Noncoding RNA.
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Adlung, L. (First author) ; Stapor, P. ; Tönsing, C. ; Schmiester, L. ; Schwarzmüller, L. E. ; Postawa, L. ; Wang, D. ; Timmer, J. ; Klingmüller, U. ; Hasenauer, J. ; Schilling, M. (Last author)
Cell-to-cell variability in JAK2/STAT5 pathway components and cytoplasmic volumes defines survival threshold in erythroid progenitor cells.
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Mohapatra, S. R. (First author) ; Sadik, A. ; Sharma, S. ; Poschet, G. ; Gegner, H. M. ; Lanz, T. V. ; Lucarelli, P. ; Klingmüller, U. ; Platten, M. ; Heiland, I. ; Opitz, C. (Last author)
Hypoxia Routes Tryptophan Homeostasis Towards Increased Tryptamine Production.
Frontiers in immunology 12, 590532 (2021) [10.3389/fimmu.2021.590532]2021 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Robichon, K. (First author) ; Maiwald, T. ; Schilling, M. ; Schneider, A. ; Willemsen, J. ; Salopiata, F. ; Teusel, M. T. ; Kreutz, C. ; Ehlting, C. ; Huang, J. ; Chakraborty, S. ; Huang, X. ; Damm, G. ; Seehofer, D. ; Lang, P. A. ; Bode, J. G. ; Binder, M. ; Bartenschlager, R. ; Timmer, J. ; Klingmüller, U. (Last author)
Identification of Interleukin1? as an Amplifier of Interferon alpha-induced Antiviral Responses.
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Wessels, S. ; Muley, T. ; Christopoulos, P. ; Meister, M. ; Heinzmann-Groth, I. ; Warth, A. ; Herpel, E. ; Hummler, S. ; Klingmüller, U. ; Kuon, J. ; Heussel, C.-P. ; Eberhardt, R. ; Herth, F. J. F. ; Winter, H. ; Bischoff, H. ; Stenzinger, A. ; Reck, M. ; Huber, R. M. ; Thomas, M. ; Schneider, M. A.
Comprehensive serial biobanking in advanced NSCLC: feasibility, challenges and perspectives.
Translational Lung Cancer Research 9(4), 1000 - 1014 (2020) [10.21037/tlcr-20-137]2020 pmc Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Gremke, N. ; Polo, P. ; Dort, A. ; Schneikert, J. ; Elmshäuser, S. ; Brehm, C. ; Klingmüller, U. ; Schmitt, A. ; Reinhardt, H. C. ; Timofeev, O. ; Wanzel, M. ; Stiewe, T.
mTOR-mediated cancer drug resistance suppresses autophagy and generates a druggable metabolic vulnerability.
Nature Communications 11(1), 4684 (2020) [10.1038/s41467-020-18504-7]2020 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Kok, F. K. (First author) ; Rosenblatt, M. ; Teusel, M. (First author) ; Nizharadze, T. ; Goncalves Magalhaes, V. ; Dächert, C. ; Maiwald, T. ; Vlasov, A. ; Wäsch, M. ; Tyufekchieva, S. ; Hoffmann, K. ; Damm, G. ; Seehofer, D. ; Boettler, T. ; Binder, M. ; Timmer, J. ; Schilling, M. (Last author) ; Klingmüller, U. (Last author)
Disentangling molecular mechanisms regulating sensitization of interferon alpha signal transduction.
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Nilsson, A. ; Haanstra, J. R. ; Engqvist, M. ; Gerding, A. ; Bakker, B. M. ; Klingmüller, U. ; Teusink, B. ; Nielsen, J.
Quantitative analysis of amino acid metabolism in liver cancer links glutamate excretion to nucleotide synthesis.
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Duerr, J. ; Leitz, D. H. W. ; Szczygiel, M. (First author) ; Dvornikov, D. ; Fraumann, S. G. ; Kreutz, C. ; Zadora, P. ; Seyhan Agircan, A. ; Konietzke, P. ; Engelmann, T. A. ; Hegermann, J. ; Mulugeta, S. ; Kawabe, H. ; Knudsen, L. ; Ochs, M. ; Rotin, D. ; Muley, T. ; Kreuter, M. ; Herth, F. J. F. ; Wielpütz, M. O. ; Beers, M. F. ; Klingmüller, U. ; Mall, M. A.
Conditional deletion of Nedd4-2 in lung epithelial cells causes progressive pulmonary fibrosis in adult mice.
Nature Communications 11(1), 2012 (2020) [10.1038/s41467-020-15743-6]2020 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Kim-Wanner, S.-Z. (First author) ; Assenov, Y. ; Nair, M. B. ; Weichenhan, D. ; Benner, A. ; Becker, N. ; Landwehr, K. ; Kuner, R. ; Sültmann, H. ; Esteller, M. ; Koch, I. ; Lindner, M. ; Meister, M. ; Thomas, M. ; Bieg, M. ; Klingmueller, U. ; Schlesner, M. ; Warth, A. ; Brors, B. ; Seifried, E. ; Bonig, H. ; Plass, C. ; Risch, A. ; Muley, T.
Genome-wide DNA methylation profiling in early stage I lung adenocarcinoma reveals predictive aberrant methylation in the promoter region of the long non-coding RNA PLUT - an exploratory study.
Journal of thoracic oncology 15(8), 1338-1350 (2020) [10.1016/j.jtho.2020.03.023]2020 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Giustarini, G. ; Huppelschoten, S. ; Barra, M. ; Oppelt, A. ; Wagenaar, L. ; Weaver, R. J. ; Bol-Schoenmakers, M. ; Smit, J. ; van de Water, B. ; Klingmueller, U. ; Pieters, R.
The hepatotoxic fluoroquinolone trovafloxacin disturbs TNF- and LPS-induced p65 nuclear translocation in vivo and in vitros.
Toxicology and applied pharmacology 391, 114915 (2020) [10.1016/j.taap.2020.114915]2020 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Weaver, R. J. ; Blomme, E. A. ; Chadwick, A. E. ; Copple, I. M. ; Gerets, H. H. J. ; Goldring, C. E. ; Guillouzo, A. ; Hewitt, P. G. ; Ingelman-Sundberg, M. ; Jensen, K. G. ; Juhila, S. ; Klingmüller, U. ; Labbe, G. ; Liguori, M. J. ; Lovatt, C. A. ; Morgan, P. ; Naisbitt, D. J. ; Pieters, R. H. H. ; Snoeys, J. ; van de Water, B. ; Williams, D. P. ; Park, B. K.
Managing the challenge of drug-induced liver injury: a roadmap for the development and deployment of preclinical predictive models.
Nature reviews / Drug discovery Drug discovery [...] 19(2), 131-148 (2020) [10.1038/s41573-019-0048-x]2020 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

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