Microarray
Dr. Melanie Bewerunge-Hudler
Head
Welcome to the Microarray Core Facility! We provide state-of-the-art microarray technologies for Expression Profiling, Methylation Analysis, Genotyping/Copy-Number-Variation(CNV) and MicroRNA profiling. Our service portfolio includes also high throughput protein analysis utilizing cutting-edge Olink® technology as well as Kinase Activity Profiling.
Services
We provide full service for the analysis of DNA methylation on a genome-wide level in human and in mouse samples (genomic DNA) making use of the well established Infinium technology of Illumina. More
Our service portfolio includes high throughput protein analysis utilizing cutting-edge Olink® technology. Considered as a next-gen proteomics platform, Olink technology enables unparalleled throughput and specificity. Its consistent and reliable results have made it widely recognized and extensively cited in various research fields for protein profiling and biomarker development. More
The Microarray Core Facility is equipped with all major microarray expression platforms. Gene expression profiling is offered comprehensively, providing Affymetrix (cartridge based) platform with all its respective mRNA analysis opportunities. Agilent array platforms are mostly used for gene expression analysis in specific model systems (e.g. E. coli, Drosophila melongaster). More
At the Microarray Core Facility we provide access to full service of state-of-the-art genotyping of customized SNP sets, focused SNP sets, and genome-wide screens covering up to 5.000.000 SNPs on BeadChips (Illumina). Beside standard genotyping, we support loss-of heterocygosity (LOH), and copy number variation (CNV) studies. For the analysis of genetic variation and function, we make use of the Illumina Beadchip technology. More
We offer a full service of genome-wide miRNA profiling for human and mouse samples, using Agilent miRNA Microarrays. In a single experiment, we currently profile 2,549 human miRNAs represented on the Human miRNA Microarray (Release 21.0) and 1,881 mouse miRNAs represented on the Mouse miRNA Microarray (Release 21.0). More
In order to study kinases in biological systems, the Microarray Core offers a comprehensive service for Kinase Activity Profiling using the peptide substrate microarray platform system PamStation 12 (Pamgene, International). More
Instrumentation
Real Time PCR (RT PCR) or quantitative PCR (qPCR)
Accurate and sensitive method of quantifying the abundance of a target DNA sequences. These can be from genomic DNA or from cDNA resulting from the reverse-transcription of RNA.
Droplet Digital PCR (ddPCR) or digital PCR (dPCR)
Provides absolute quantification of target DNA or RNA molecules for EvaGreen or probe-based digital PCR applications.
Biomark™ HD is an automated, high-performance PCR system that uses microfluidics technology to process samples at nanoliter-scale volumes for gene expression, genotyping and copy number variation analysis. High-throughput IFCs can be performed in two formats (# Templates vs # Assays): 1) 96.96 (9,216 reactions), 2) 48.48 (2,304 reactions).
Ingenuity Pathway Analysis (Qiagen IPA) has been broadly adopted by the life science community and relies on manually curated data. The content in the unterlying QIAGEN Knowledge Base updated both weekly (journal articles) and quarterly (journal articles and databases). Weekly updates are made to Gene Views, Chem Views, and Molecular Networks. Full content releases to IPA (including disease and function relationships) occur quarterly. At DKFZ access is managed by the Microarray Core Facility since around 15 years with great popularity. Further Information or to the booking system.
Team
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Dr. Melanie Bewerunge-Hudler
Head
-
Bettina Dörr
Technician
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Roger Fischer
Technician
-
Oliver Heil
Computer Scientist
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Sabine Henze
Technician
-
Tatjana Keller
Technician
-
Matthias Schick
Biotechnology Engineer
-
Anja Schramm-Glück
Technician
-
Nadja Wermke
Technician
Publications
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Mederer, T. ; Schmitteckert, S. ; Volz, J. ; Martínez, C. ; Röth, R. ; Thumberger, T. ; Eckstein, V. ; Scheuerer, J. ; Thöni, C. ; Lasitschka, F. ; Carstensen, L. ; Günther, P. ; Holland-Cunz, S. ; Hofstra, R. ; Brosens, E. ; Rosenfeld, J. A. ; Schaaf, C. P. ; Schriemer, D. ; Ceccherini, I. ; Rusmini, M. ; Tilghman, J. ; Luzón-Toro, B. ; Torroglosa, A. ; Borrego, S. ; Sze-Man Tang, C. ; Garcia-Barceló, M. ; Tam, P. ; Paramasivam, N. ; Bewerunge-Hudler, M. ; De La Torre, C. ; Gretz, N. ; Rappold, G. A. ; Romero, P. ; Niesler, B.
Paramasivam, N. ; Hübschmann, D. ; Toprak, U. H. ; Ishaque, N. ; Neidert, M. ; Schrimpf, D. ; Stichel, D. ; Reuss, D. ; Sievers, P. ; Reinhardt, A. ; Wefers, A. K. ; Jones, D. T. W. ; Gu, Z. ; Werner, J. ; Uhrig, S. ; Wirsching, H.-G. ; Schick, M. ; Bewerunge-Hudler, M. ; Beck, K. ; Brehmer, S. ; Urbschat, S. ; Seiz-Rosenhagen, M. ; Hänggi, D. ; Herold-Mende, C. ; Ketter, R. ; Eils, R. ; Ram, Z. ; Pfister, S. M. ; Wick, W. ; Weller, M. ; Grossmann, R. ; von Deimling, A. ; Schlesner, M. ; Sahm, F.
Korshunov, A. ; Casalini, B. ; Chavez, L. ; Hielscher, T. ; Sill, M. ; Ryzhova, M. ; Sharma, T. ; Schrimpf, D. ; Stichel, D. ; Capper, D. ; Reuss, D. E. ; Sturm, D. ; Absalyamova, O. ; Golanov, A. ; Lambo, S. ; Bewerunge-Hudler, M. ; Lichter, P. ; Herold-Mende, C. ; Wick, W. ; Pfister, S. ; Kool, M. ; Jones, D. ; von Deimling, A. ; Sahm, F.
Bermejo, J. L. ; Huang, G. ; Manoochehri, M. ; Mesa, K. G. ; Schick, M. ; Silos, R. G. ; Ko, Y.-D. ; Brüning, T. ; Brauch, H. ; Lo, W.-Y. ; Hoheisel, J. ; Hamann, U.
Sievers, P. ; Stichel, D. ; Hielscher, T. ; Schrimpf, D. ; Reinhardt, A. ; Wefers, A. K. ; Reuss, D. ; Jones, D. ; Bewerunge-Hudler, M. ; Hartmann, C. ; Baumgarten, P. ; Wirsching, H.-G. ; Winther-Kristensen, B. ; Brokinkel, B. ; Ketter, R. ; Idoate Gastearena, M. A. ; Lamszus, K. ; Seiz-Rosenhagen, M. ; Mawrin, C. ; Harter, P. ; Felsberg, J. ; Hänggi, D. ; Herold-Mende, C. ; Berghoff, A. S. ; Weller, M. ; Pfister, S. ; Wick, W. ; Reifenberger, G. ; Preusser, M. ; von Deimling, A. ; Sahm, F.
Bure, I. ; Geer, S. ; Knopf, J. ; Roas, M. ; Henze, S. ; Ströbel, P. ; Agaimy, A. ; Wiemann, S. ; Hoheisel, J. ; Hartmann, A. ; Haller, F. ; Moskalev, E. A.
Koelsche, C. ; Hartmann, W. ; Schrimpf, D. ; Stichel, D. ; Jabar, S. ; Ranft, A. ; Reuss, D. E. ; Sahm, F. ; Jones, D. ; Bewerunge-Hudler, M. ; Trautmann, M. ; Klingebiel, T. ; Vokuhl, C. ; Gessler, M. ; Wardelmann, E. ; Petersen, I. ; Baumhoer, D. ; Flucke, U. ; Antonescu, C. ; Esteller, M. ; Fröhling, S. ; Kool, M. ; Pfister, S. ; Mechtersheimer, G. ; Dirksen, U. ; von Deimling, A.
Shirahata, M. ; Ono, T. ; Stichel, D. ; Schrimpf, D. ; Reuss, D. E. ; Sahm, F. ; Koelsche, C. ; Wefers, A. ; Reinhardt, A. ; Huang, K. ; Sievers, P. ; Shimizu, H. ; Nanjo, H. ; Kobayashi, Y. ; Miyake, Y. ; Suzuki, T. ; Adachi, J.-I. ; Mishima, K. ; Sasaki, A. ; Nishikawa, R. ; Bewerunge-Hudler, M. ; Ryzhova, M. ; Absalyamova, O. ; Golanov, A. ; Sinn, P. ; Platten, M. ; Jungk, C. ; Winkler, F. ; Wick, A. ; Hänggi, D. ; Unterberg, A. ; Pfister, S. ; Jones, D. ; van den Bent, M. ; Hegi, M. ; French, P. ; Baumert, B. G. ; Stupp, R. ; Gorlia, T. ; Weller, M. ; Capper, D. ; Korshunov, A. ; Herold-Mende, C. ; Wick, W. ; Louis, D. N. ; von Deimling, A.
Junge, K. M. ; Leppert, B. ; Jahreis, S. ; Wissenbach, D. K. ; Feltens, R. ; Grützmann, K. ; Thürmann, L. ; Bauer, T. ; Ishaque, N. ; Schick, M. ; Bewerunge-Hudler, M. ; Röder, S. ; Bauer, M. ; Schulz, A. ; Borte, M. ; Landgraf, K. ; Körner, A. ; Kiess, W. ; von Bergen, M. ; Stangl, G. I. ; Trump, S. ; Eils, R. ; Polte, T. ; Lehmann, I.
Thürmann, L. ; Grützmann, K. ; Klös, M. ; Bieg, M. ; Winter, M. ; Polte, T. ; Bauer, T. ; Schick, M. ; Bewerunge-Hudler, M. ; Röder, S. ; Bauer, M. ; Wissenbach, D. K. ; Sack, U. ; Weichenhan, D. ; Mücke, O. ; Plass, C. ; Borte, M. ; von Bergen, M. ; Lehmann, I. ; Eils, R. ; Trump, S.
Kessler, T. ; Sahm, F. ; Sadik, A. ; Stichel, D. ; Hertenstein, A. ; Reifenberger, G. ; Zacher, A. ; Sabel, M. ; Tabatabai, G. ; Steinbach, J. ; Sure, U. ; Krex, D. ; Grosu, A.-L. ; Bewerunge-Hudler, M. ; Jones, D. ; Pfister, S. ; Weller, M. ; Opitz, C. ; Bendszus, M. ; von Deimling, A. ; Platten, M. ; Wick, W.
Koelsche, C. ; Schrimpf, D. ; Tharun, L. ; Roth, E. ; Sturm, D. ; Jones, D. ; Renker, E.-K. ; Sill, M. ; Baude, A. ; Sahm, F. ; Capper, D. ; Bewerunge-Hudler, M. ; Hartmann, W. ; Kulozik, A. E. ; Petersen, I. ; Flucke, U. ; Schreuder, H. W. B. ; Büttner, R. ; Weber, M.-A. ; Schirmacher, P. ; Plass, C. ; Pfister, S. ; von Deimling, A. ; Mechtersheimer, G.
Kayser, S. ; Feszler, M. ; Krzykalla, J. ; Schick, M. ; Kramer, M. ; Benner, A. ; Thol, F. ; Platzbecker, U. ; Müller-Tidow, C. ; Ho, A. D. ; Ehninger, G. ; Heuser, M. ; Schlenk, R. F. ; Thiede, C. ; Röllig, C. ; Krämer, A.
Breunig, C. ; Pahl, J. ; Küblbeck, M. ; Miller, M. ; Antonelli, D. ; Erdem, N. ; Wirth, C. ; Will, R. ; Bott, A. ; Cerwenka, A. ; Wiemann, S.
Jung, E. ; Osswald, M. ; Blaes, J. ; Wiestler, B. ; Sahm, F. ; Schmenger, T. ; Solecki, G. ; Deumelandt, K. ; Kurz, F. T. ; Xie, R. ; Weil, S. ; Heil, O. ; Thomé, C. ; Gömmel, M. ; Syed, M. ; Häring, P. ; Huber, P. ; Heiland, S. ; Platten, M. ; von Deimling, A. ; Wick, W. ; Winkler, F.
Sahm, F. ; Toprak, U. ; Hübschmann, D. ; Kleinheinz, K. ; Buchhalter, I. ; Sill, M. ; Stichel, D. ; Schick, M. ; Bewerunge-Hudler, M. ; Schrimpf, D. ; Zadeh, G. ; Aldape, K. ; Herold-Mende, C. ; Beck, K. ; Staszewski, O. ; Prinz, M. ; Harosh, C. B. ; Eils, R. ; Sturm, D. ; Jones, D. ; Pfister, S. ; Paulus, W. ; Ram, Z. ; Schlesner, M. ; Grossman, R. ; von Deimling, A.
Sahm, F. ; Schrimpf, D. ; Stichel, D. ; Jones, D. ; Hielscher, T. ; Schefzyk, S. ; Okonechnikov, K. ; Koelsche, C. ; Reuss, D. E. ; Capper, D. ; Sturm, D. ; Wirsching, H.-G. ; Berghoff, A. S. ; Baumgarten, P. ; Kratz, A. ; Huang, K. ; Wefers, A. K. ; Hovestadt, V. ; Sill, M. ; Ellis, H. P. ; Kurian, K. M. ; Okuducu, A. F. ; Jungk, C. ; Drueschler, K. ; Schick, M. ; Bewerunge-Hudler, M. ; Mawrin, C. ; Seiz-Rosenhagen, M. ; Ketter, R. ; Simon, M. ; Westphal, M. ; Lamszus, K. ; Becker, A. ; Koch, A. ; Schittenhelm, J. ; Rushing, E. J. ; Collins, V. P. ; Brehmer, S. ; Chavez, L. ; Platten, M. ; Hänggi, D. ; Unterberg, A. ; Paulus, W. ; Wick, W. ; Pfister, S. ; Mittelbronn, M. ; Preusser, M. ; Herold-Mende, C. ; Weller, M. ; von Deimling, A.
Sahm, F. ; Korshunov, A. ; Schrimpf, D. ; Stichel, D. ; Jones, D. ; Capper, D. ; Kölsche, C. ; Reuss, D. ; Kratz, A. ; Huang, K. ; Wefers, A. K. ; Schick, M. ; Bewerunge-Hudler, M. ; Mittelbronn, M. ; Platten, M. ; Hänggi, D. ; Jeibmann, A. ; Unterberg, A. ; Herold-Mende, C. ; Pfister, S. ; Brandner, S. ; Wick, W. ; von Deimling, A.
ORFeome Collaboration ; Wiemann, S. ; Pennacchio, C. ; Hu, Y. ; Hunter, P. ; Harbers, M. ; Amiet, A. ; Bethel, G. ; Busse, M. ; Carninci, P. ; Dunham, I. ; Hao, T. ; Harper, J. W. ; Hayashizaki, Y. ; Heil, O. ; Hennig, S. ; Hotz-Wagenblatt, A. ; Jang, W. ; Jöcker, A. ; Kawai, J. ; Koenig, C. ; Korn, B. ; Lambert, C. ; LeBeau, A. ; Lu, S. ; Maurer, J. ; Moore, T. ; Ohara, O. ; Park, J. ; Rolfs, A. ; Salehi-Ashtiani, K. ; Seiler, C. ; Simmons, B. ; van Brabant Smith, A. ; Steel, J. ; Wagner, L. ; Weaver, T. ; Wellenreuther, R. ; Yang, S. ; Vidal, M. ; Gerhard, D. S. ; LaBaer, J. ; Temple, G. ; Hill, D. E.
Thomas, C. ; Sill, M. ; Ruland, V. ; Witten, A. ; Hartung, S. ; Kordes, U. ; Jeibmann, A. ; Beschorner, R. ; Keyvani, K. ; Bergmann, M. ; Mittelbronn, M. ; Pietsch, T. ; Felsberg, J. ; Monoranu, C. M. ; Varlet, P. ; Hauser, P. ; Olar, A. ; Grundy, R. G. ; Wolff, J. E. ; Korshunov, A. ; Jones, D. ; Bewerunge-Hudler, M. ; Hovestadt, V. ; von Deimling, A. ; Pfister, S. ; Paulus, W. ; Capper, D. ; Hasselblatt, M.
Sahm, F. ; Schrimpf, D. ; Jones, D. ; Meyer, J. ; Kratz, A. ; Reuss, D. ; Capper, D. ; Koelsche, C. ; Korshunov, A. ; Wiestler, B. P. O. ; Buchhalter, I. ; Milde, T. ; Selt, F. ; Sturm, D. ; Kool, M. ; Hummel, M. ; Bewerunge-Hudler, M. ; Mawrin, C. ; Schüller, U. ; Jungk, C. ; Wick, A. ; Witt, O. ; Platten, M. ; Herold-Mende, C. ; Unterberg, A. ; Pfister, S. ; Wick, W. ; von Deimling, A.
Röhrich, M. ; Koelsche, C. ; Schrimpf, D. ; Capper, D. ; Sahm, F. ; Kratz, A. ; Reuss, J. ; Hovestadt, V. ; Jones, D. ; Bewerunge-Hudler, M. ; Becker, A. ; Weis, J. ; Mawrin, C. ; Mittelbronn, M. ; Perry, A. ; Mautner, V.-F. ; Mechtersheimer, G. ; Hartmann, C. ; Okuducu, A. F. ; Arp, M. ; Seiz-Rosenhagen, M. ; Hänggi, D. ; Heim, S. ; Paulus, W. ; Schittenhelm, J. ; Ahmadi, R. ; Herold-Mende, C. ; Unterberg, A. ; Pfister, S. ; von Deimling, A. ; Reuss, D. E.
Bauer, T. ; Trump, S. ; Ishaque, N. ; Thürmann, L. ; Gu, L. ; Bauer, M. ; Bieg, M. ; Gu, Z. ; Weichenhan, D. ; Mallm, J.-P. ; Röder, S. ; Herberth, G. ; Takada, E. ; Mücke, O. ; Winter, M. ; Junge, K. M. ; Grützmann, K. ; Rolle-Kampczyk, U. ; Wang, Q. ; Lawerenz, C. ; Borte, M. ; Polte, T. ; Schlesner, M. ; Schanne, M. ; Wiemann, S. ; Geörg, C. ; Stunnenberg, H. G. ; Plass, C. ; Rippe, K. ; Mizuguchi, J. ; Herrmann, C. ; Eils, R. ; Lehmann, I.
Reuss, D. E. ; Kratz, A. ; Sahm, F. ; Capper, D. ; Schrimpf, D. ; Koelsche, C. ; Hovestadt, V. ; Bewerunge-Hudler, M. ; Jones, D. ; Schittenhelm, J. ; Mittelbronn, M. ; Rushing, E. ; Simon, M. ; Westphal, M. ; Unterberg, A. ; Platten, M. ; Paulus, W. ; Reifenberger, G. ; Tonn, J.-C. ; Aldape, K. ; Pfister, S. ; Korshunov, A. ; Weller, M. ; Herold-Mende, C. ; Wick, W. ; Brandner, S. ; von Deimling, A.
Keklikoglou, I. ; Hosaka, K. ; Bender, C. ; Bott, A. ; Koerner, C. ; Mitra, D. ; Will, R. ; Woerner, A. ; Muenstermann, E. ; Wilhelm, H. ; Cao, Y. ; Wiemann, S.
Cohen-Dvashi, H. ; Ben-Chetrit, N. ; Russell, R. ; Carvalho, S. ; Lauriola, M. ; Nisani, S. ; Mancini, M. ; Nataraj, N. ; Kedmi, M. ; Roth, L. ; Köstler, W. ; Zeisel, A. ; Yitzhaky, A. ; Zylberg, J. ; Tarcic, G. ; Eilam, R. ; Wigelman, Y. ; Will, R. ; Lavi, S. ; Porat, Z. ; Wiemann, S. ; Ricardo, S. ; Schmitt, F. ; Caldas, C. ; Yarden, Y.
Häuser, R. ; Ceol, A. ; Rajagopala, S. V. ; Mosca, R. ; Siszler, G. ; Wermke, N. ; Sikorski, P. ; Schwarz, F. ; Schick, M. ; Wuchty, S. ; Aloy, P. ; Uetz, P.
Barthelmeß, S. ; Geddert, H. ; Boltze, C. ; Moskalev, E. A. ; Bieg, M. ; Sirbu, H. ; Brors, B. ; Wiemann, S. ; Hartmann, A. ; Agaimy, A. ; Haller, F.
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