Omics IT und Data Management Core Facility

Omics IT and Data Management Core Facility (ODCF)

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Technische Weiterentwicklungen in den letzten Jahren haben zu einer Explosion von Hochdurchsatzexperiementen, wie zum Beispiel verschiedenen Omics-Experimenten (Genomics, Proteomics, Epigenomics), in den Lebenswissenschaften geführt. Diese neuen Verfahren generieren sehr große Mengen an Daten, die wiederum effizient analysiert und gespeichert werden müssen.

Die Omics IT and Data Management Core Facility (ODCF) am Deutschen Krebsforschungszentrum (DKFZ) bietet Datenmanagement, ein Rechencluster sowie einen Bioinformatik-Service für alle DKFZ-Arbeitsgruppen und Kooperationspartner.

Das Angebot der ODCF umfasst die strukturierte Speicherung verschiedener Omics-Rohdaten mit einem Schwerpunkt auf verschiedenen Next-Generation-Sequencing (NGS) Daten. Wir erweitern ständig unser Portfolio der unterstützten Datentypen, um die Bedürfnisse aller Kunden zu decken.

Zusätzlich zur Speicherung von Rohdaten sorgen wir für die Primärverarbeitung verschiedener Datentypen. Diese Verarbeitung geschieht in unserer automatisierten Plattform OTP (https://otp.dkfz.de) sowie unserem Workflow-Management-System RODDY (https://github.com/TheRoddyWMS). Derzeit bieten wir das Alignment von Humanen- und Mausdaten sowie Mutationsanalysen von humanen Tumor/Normal Proben an. Unser Repertoire an standardisierten und etablierten Workflows für verschiedene Datentypen wird stetig erweitert. OTP ist auch eine Datenbank für Informationen rund um die Proben (Metadaten) und die verschiedenen Verarbeitungsschritte. Unsere Standardverarbeitung wird derzeit bereits von verschiedenen Projekten, zum Beispiel des Heidelberg Center for Personalized Oncology (HIPO) und des International Cancer Genome Project (ICGC), verwendet.

Neben der standardisierten Verarbeitung von Rohdaten bietet die ODCF auch einen Bioinformatik-Service an. Dieser Service basiert auf dem interaktiven Analysetool HUSAR (https://www.dkfz.de/gpcf/hs_husar.html). Hier stellen wir sowohl die nötige Infrastruktur als auch fachliche Hilfe zur Analyse verschiedener Sequenzierdaten über die Primärverarbeitung hinaus zur Verfügung. Dieser Service richtet sich primär an kleinere Arbeitsgruppen ohne Bioinformatik um spezifische wissenschaftliche Fragen zu beantworten.

ODCF betreibt einen Compute-Cluster basierend auf Linux und einem Batch-System. Dieser Cluster wird zur Primärverarbeitung der Daten sowie von verschiedenen Wissenschaftlern am DKFZ für bioinformatische Analysen benutzt. Der Cluster umfasst mehrere Tausend Rechen-Cores und wird ständig, bedarfsorientiert erweitert. Neben normalen Rechen-Knoten umfasst er weitere spezielle Knoten wie zum Beispiel FPGAs. Alle Rechen-Knoten sind direkt mit dem Primären Speicher der DKFZ-ITCF verbunden. Wir passen unsere Hardware stets den Bedürfnissen unserer Kunden an.


Für weitere Informationen oder zur Nutzung unserer Services kontaktieren Sie uns bitte per E-Mail an odcf-service@dkfz.de.

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