TelomereHunter

TelomereHunter ist ein Software Tool, mit dem der Telomergehalt anhand von Whole-Genome Sequenzierungsdaten bestimmt werden kann. Es nimmt BAM Dateien von Tumor- und passenden Kontrollproben als Inputdateien. Es ist jedoch auch möglich TelomereHunter mit nur einer Inputdatei laufen zu lassen. TelomereHunter extrahiert und sortiert telomerische Reads aus den Daten. Mögliche Verzerrungen durch GC-Gehalt werden für die Bestimmung des Telomergehalts mit einbezogen. Schließlich werden die Ergebnisse in verschiedenen Diagrammen visualisiert.


Weitere Informationen finden Sie auf der englischen Seite und im wissenschaftlichen Forschungsartikel.

 

Zum Zitieren in Ihrer wissenschaftlichen Arbeit benutzen Sie bitte:

TelomereHunter – in silico estimation of telomere content and composition from cancer genomes

Lars Feuerbach, Lina Sieverling, Katharina I. Deeg, Philip Ginsbach, Barbara Hutter, Ivo Buchhalter, Paul A. Northcott, Sadaf S. Mughal, Priya Chudasama, Hanno Glimm, Claudia Scholl, Peter Lichter, Stefan Fröhling, Stefan M. Pfister, David T. W. Jones, Karsten Rippe & Benedikt Brors

BMC Bioinformaticsvolume 20, Article number: 272 (2019)

 

TelomereHunter kann unter folgendem Link heruntergeladen werden: https://pypi.python.org/pypi/telomerehunter/

© dkfz.de

nach oben