Bioinformatik der Genomik und Systemgenetik

  • Funktionelle und Strukturelle Genomforschung
Bild Oliver Stegle

Prof. Dr. Oliver Stegle

Division Head

Unsere Forschungsgruppe entwickelt computergestützte Methoden, um molekulare Variationen zu analysieren und ihre Auswirkungen auf phänotypische Merkmale besser zu verstehen.

Das Bild zeigt eine stilisierte DNA-Helix in der Mitte. Die Helix ist aus Punkten und Linien aufgebaut und vor einem runden, rosa Hintergrund platziert. Sie vermittelt das Thema von Genetik und Datenstrukturen.

Unsere Forschung

Wie beeinflusst unsere Genetik äußere Merkmale und wie verursacht sie Krebs? Wie werden genetische Faktoren und Umweltfaktoren auf verschiedenen molekularen Ebenen integriert, und wie variabel sind molekulare Zustände zwischen einzelnen Zellen?

Wir nutzen statistische Inferenz und maschinelles Lernen als unsere Hauptwerkzeuge, um diese wissenschaftlichen Fragen zu beantworten. Wachsende Stichprobengrößen und technologische Fortschritte erfordern neue analytische Strategien und Werkzeuge, die auf Datensätze mit Millionen von Beobachtungen skalieren und räumliche sowie zeitliche Abhängigkeiten berücksichtigen. Wir entwickeln grundlegende Methoden in Statistik und maschinellem Lernen, darunter effiziente Parameterinferenz in Modellen zur Untersuchung genetischer Assoziationen und Methoden zur Dimensionsreduktion.

Erfahren Sie mehr über unsere Forschungsgruppe unter https://steglelab.org/ 

Forschungsthemen

Das Bild zeigt ein Diagramm mit zwei Hauptabschnitten. Abschnitt a umfasst Module zur Vorhersage von Phänotypen basierend auf Genbeeinträchtigungen. Abschnitt b zeigt, wie annotierte Varianten in eine Gen-Einbettung mit einem Genbeeinträchtigungsscore umgewandelt werden.

Wir entwickeln statistische Methoden, um häufig übersehene Dimensionen der Genotyp-Phänotyp-Beziehung zu analysieren, einschließlich der genetischen Auswirkungen seltener Varianten und indirekter genetischer Effekte.

Team

Wir sind ein interdisziplinäres und internationales Team, das gemeinsam am Deutschen Krebsforschungszentrum (DKFZ) und dem Europäischen Laboratorium für Molekularbiologie (EMBL) in Heidelberg angesiedelt ist. In unserem Team fördern wir Offenheit und Zusammenarbeit und legen Wert auf Freundlichkeit in allem, was wir tun. Wir sind stolz auf jedes einzelne Mitglied und dessen Leistungen und setzen uns mit Begeisterung für die wissenschaftliche Weiterentwicklung unseres Teams ein.

Gesamtes Team

Offene Stellen

Wir sind stets auf der Suche nach neuen Talenten, um unser Team zu verstärken!

Wenn Sie sich für eine Postdoktoranden oder Doktorandenstelle in unserer Gruppe bewerben möchten, verweisen wir Sie auf das DKFZ Postdoctoral Fellowship und das DKFZ International PhD Programme.
Sollten Sie sich nicht über eine der oben genannten spezifischen Ausschreibungen bewerben, können Sie Ihren Lebenslauf, ein Motivationsschreiben und idealerweise 2 Referenzen in einem einzigen PDF direkt an Oliver Stegle senden.

Wir freuen uns außerdem, Ihnen die Möglichkeit zu bieten, Ihre Bachelor- oder Masterarbeit oder ein Praktikum in unserem Labor durchzuführen. Wenn Sie Interesse haben, kontaktieren Sie uns bitte mit einem Lebenslauf und einem auf die Interessen unseres Labors zugeschnittenen Motivationsschreiben.

Eine Gruppe von etwa 30 Personen steht auf einer breiten Treppe vor modernen Gebäuden und einer grünen Landschaft. Die Mitglieder sind in verschiedenen Kleidungsstilen gekleidet und lächeln, während sie für das Gruppenfoto posieren.

Ausgewählte Publikationen

2024 - Nature Genetics

Clarke, B., Holtkamp, E., Öztürk, H., Mück, M., Wahlberg, M., Meyer, K., Munzlinger, F., Brechtmann, F., Hölzlwimmer, F. R., Lindner, J., Chen, Z., Gagneur, J., & Stegle, O.

2024 - Nature Methods

Marconato, L., Palla, G. , Yamauchi, K. A. , Virshup, I., Heidari, E., Treis, T., Toth, M., Shrestha, R. B., Vöhringer, H., Huber, W., Gerstung, M., Moore, J., Theis, F. J. , & Stegle, O.

2022 - Nature Biotechnology

Kleshchevnikov, V., Shmatko, A., Dann, E., Aivazidis, A., King, H. W., Li, T., Elmentaite, R., Lomakin, A., Kedlian, V., Gayoso, A., Jain, M. S., Park, J. S., Ramona, L., Tuck, E., Arutyunyan, A., Vento-Tormo, R., Gerstung, M., James, L., Stegle, O., Bayraktar, O. A.

2022 - Nature Methods

Velten, B., Braunger, J.M., Argelaguet, R., Arnol, D., Wirbel, J., Bredikhin, D., Zeller, G., Stegle, O

2021 - Nature Genetics

Jerber, J., Seaton, D. D., Cuomo, A. S. E., Kumasaka, N., Haldane, J., Steer, J., Patel, M., Pearce, D., Andersson, M., Bonder, M. J., Mountjoy, E., Ghoussaini, M., Lancaster, M. A., Marioni, J. C., Merkle, F. T., Gaffney, D. J., & Stegle, O.

2021 - Nature Genetics

Bonder, M. J., Smail, C., Gloudemans, M. J., Frésard, L., Jakubosky, D., D’Antonio, M., Li, X., Ferraro, N. M., Carcamo-Orive, I., Mirauta, B., Seaton, D. D., Cai, N., Vakili, D., Horta, D., Zhao, C., Zastrow, D. B., Bonner, D. E., Wheeler, M. T., Kilpinen, H., … , Stegle, O.

Kontaktieren Sie uns

Bild Oliver Stegle

Prof. Dr. Oliver Stegle

Division Head
Mitarbeiterbild

Eva Sabine Blum

Administrative Assistant
Mitarbeiterbild

Kevin Domanegg

Scientific Manager
Formular

Formulardaten werden geladen ...