Cookie Hinweis

Wir verwenden Cookies, um Ihnen ein optimales Webseiten-Erlebnis zu bieten. Dazu zählen Cookies, die für den Betrieb der Seite notwendig sind, sowie solche, die lediglich zu anonymen Statistikzwecken, für Komforteinstellungen oder zur Anzeige personalisierter Inhalte genutzt werden. Sie können selbst entscheiden, welche Kategorien Sie zulassen möchten. Bitte beachten Sie, dass auf Basis Ihrer Einstellungen womöglich nicht mehr alle Funktionalitäten der Seite zur Verfügung stehen. Weitere Informationen finden Sie in unseren Datenschutzhinweisen .

Essentiell

Diese Cookies sind für die Funktionalität unserer Website erforderlich und können nicht deaktiviert werden.

Name Webedition CMS
Zweck Dieses Cookie wird vom CMS (Content Management System) Webedition für die unverwechselbare Identifizierung eines Anwenders gesetzt. Es bietet dem Anwender bessere Bedienerführung, z.B. Speicherung von Sucheinstellungen oder Formulardaten. Typischerweise wird dieses Cookie beim Schließen des Browsers gelöscht.
Name econda
Zweck Session-Cookie für die Webanalyse Software econda. Diese läuft im Modus „Anonymisiertes Messen“.
Statistik

Diese Cookies helfen uns zu verstehen, wie Besucher mit unserer Webseite interagieren, indem Informationen anonym gesammelt und analysiert werden. Je nach Tool werden ein oder mehrere Cookies des Anbieters gesetzt.

Name econda
Zweck Measure with Visitor Cookie emos_jcvid
Externe Medien

Inhalte von externen Medienplattformen werden standardmäßig blockiert. Wenn Cookies von externen Medien akzeptiert werden, bedarf der Zugriff auf diese Inhalte keiner manuellen Zustimmung mehr.

Name YouTube
Zweck Zeige YouTube Inhalte
Name Twitter
Zweck Twitter Feeds aktivieren
Cooperational Research Program with Israel: DKFZ - MOST in Cancer Research

Defining control and function of alternative splicing during tumorigenesis

Number of publications: 21
Israeli Partner: G. Ast, Tel Aviv University
German Partner: A. Hotz-Wagenblatt, DKFZ

Publications

Publication
Publication
Amit, M., Donyo, M., Hollander, D., Goren, A., Kim, E., Gelfman, S., Lev-Maor, G., Burstein, D., Schwartz, S., Postolsky, B., Pupko, T., Ast, G.

Differential GC content between exons and introns establishes distinct strategies of splice-site recognition 1 (5), Cell Rep, 543-56, 2012

Amit, M., Sela, N., Keren, H., Melamed, Z., Muler, I., Shomron, N., Izraeli, S., Ast, G.

Biased exonization of transposed elements in duplicated genes: A lesson from the TIF-IA gene 8, BMC Mol Biol, 109, 2007

Aschoff, M., Hotz-Wagenblatt, A., Glatting, K. H., Fischer, M., Eils, R., Konig, R.

SplicingCompass: differential splicing detection using RNA-seq data 29 (9), Bioinformatics, 1141-8, 2013

Gal-Mark, N., Schwartz, S., Ram, O., Eyras, E., Ast, G.

The pivotal roles of TIA proteins in 5' splice-site selection of alu exons and across evolution 5 (11), PLoS Genet, e1000717, 2009

Gelfman, S., Burstein, D., Penn, O., Savchenko, A., Amit, M., Schwartz, S., Pupko, T., Ast, G.

Changes in exon-intron structure during vertebrate evolution affect the splicing pattern of exons 22 (1), Genome Res, 35-50, 2012

Goren, A., Kim, E., Amit, M., Bochner, R., Lev-Maor, G., Ahituv, N., Ast, G.

Alternative approach to a heavy weight problem 18 (2), Genome Res, 214-20, 2008

Goren, A., Kim, E., Amit, M., Vaknin, K., Kfir, N., Ram, O., Ast, G.

Overlapping splicing regulatory motifs--combinatorial effects on splicing 38 (10), Nucleic Acids Res, 3318-27, 2010

Keren-Shaul, H., Lev-Maor, G., Ast, G.

Pre-mRNA splicing is a determinant of nucleosome organization 8 (1), PLoS One, e53506, 2013

Levy, A., Schwartz, S., Ast, G.

Large-scale discovery of insertion hotspots and preferential integration sites of human transposed elements 38 (5), Nucleic Acids Res, 1515-30, 2010

Levy, A., Sela, N., Ast, G.

TranspoGene and microTranspoGene: transposed elements influence on the transcriptome of seven vertebrates and invertebrates 36, Nucleic Acids Res, D47-52, 2008

Llorian, M., Schwartz, S., Clark, T. A., Hollander, D., Tan, L. Y., Spellman, R., Gordon, A., Schweitzer, A. C., de la Grange, P., Ast, G., Smith, C. W.

Position-dependent alternative splicing activity revealed by global profiling of alternative splicing events regulated by PTB 17 (9), Nat Struct Mol Biol, 1114-23, 2010

Mersch, B., Sela, N., Ast, G., Suhai, S., Hotz-Wagenblatt, A.

SERpredict: detection of tissue- or tumor-specific isoforms generated through exonization of transposable elements 8, BMC Genet, 78, 2007

Schwartz, S., Ast, G.

Chromatin density and splicing destiny: on the cross-talk between chromatin structure and splicing 29 (10), Embo j, 1629-36, 2010

Schwartz, S., Gal-Mark, N., Kfir, N., Oren, R., Kim, E., Ast, G.

Alu exonization events reveal features required for precise recognition of exons by the splicing machinery 5 (3), PLoS Comput Biol, e1000300, 2009

Schwartz, S., Hall, E., Ast, G.

SROOGLE: webserver for integrative, user-friendly visualization of splicing signals 37, Nucleic Acids Res, W189-92, 2009

Schwartz, S., Meshorer, E., Ast, G.

Chromatin organization marks exon-intron structure 16 (9), Nat Struct Mol Biol, 990-5, 2009

Schwartz, S., Oren, R., Ast, G.

Detection and removal of biases in the analysis of next-generation sequencing reads 6 (1), PLoS One, e16685, 2011

Sela, N., Kim, E., Ast, G.

The role of transposable elements in the evolution of non-mammalian vertebrates and invertebrates 11 (6), Genome Biol, R59, 2010

Sela, N., Mersch, B., Gal-Mark, N., Lev-Maor, G., Hotz-Wagenblatt, A., Ast, G.

Comparative analysis of transposed element insertion within human and mouse genomes reveals Alu's unique role in shaping the human transcriptome 8 (6), Genome Biol, R127, 2007

Sela, N., Mersch, B., Hotz-Wagenblatt, A., Ast, G.

Characteristics of transposable element exonization within human and mouse 5 (6), PLoS One, e10907, 2010

Sela, N., Stern, A., Makalowski, W., Pupko, T., Ast, G.

Transduplication resulted in the incorporation of two protein-coding sequences into the turmoil-1 transposable element of C. elegans 3, Biol Direct, 41, 2008

to top
powered by webEdition CMS