BBMRI-ERIC

Bei der pan-europäischen Biobanking and BioMolecular resources Research Infrastructure (BBMRI) handelt es sich um eine verteilte Infrastruktur der Biomedizin und Lebenswissenschaften zur nachhaltigen Speicherung und Verteilung von Biobank-Proben und assoziierten Daten in Europa.

BBMRI-ERIC soll den Zugang zu den Sammlungen von Partner-Biobanken und biomolekularen Ressourcen sowie deren Wissen und Dienstleistungen auf einer nicht-wirtschaftlichen Basis ermöglichen.

Die Mission der BBMRI-ERIC Common Service IT (CS-IT) ist es, Expertise, Dienstleistungen und IT-Tools bereit zu stellen, die zur Durchführung der Arbeiten und Aktivitäten in BBMRI-ERIC benötigt werden. CS-IT wird ergänzt durch das Horizon 2020 INFRADEV-3-Projekt ADOPT, dessen Ziel es ist, die Entwicklung und Bereitstellung der in BBMRI-ERIC benötigten Werkzeuge zu beschleunigen.

Overview of Services

Das Team am DKFZ ist maßgeblich für Konzeption, Design, Entwicklung und Instandhaltung der föderierten Suche in BBMRI-ERIC CS-IT verantwortlich. Diese umfasst den Sample Locator, Connector und Negotiator sowie die Zusammenführung dieser Komponenten mit dem Biobank-Verzeichnis und Harmonisierungstools. Darüber hinaus leiten wir das Architektur-Design des gesamten CS-IT-Projekts und entwickeln die Software-Lösung, die die Erfassung einer Sammlung von 10.000 Darmkrebs-Fällen ermöglicht, die als ein Use Case des BBMRI dienen wird.

Ziel des Sample Locators ist es, Forschern (Verbrauchern) durch einen föderierten Anfragemechanismus Verfügbarkeitsinformationen zu Proben und probenbezogenen Daten zur Verfügung zu stellen. Er wird mit ontologischen Mapping-Tools verbunden, um der Heterogenität der europäischen Datenstrukturen gerecht zu werden.

Das Konzept der föderierten Suche unterstützt die Spezifizierung von Suchanfragen auf der Basis von im Metadata Repository (MDR) definierten Elemente, sowie die asynchrone Interaktion mit den beteiligten Biobanken. Eine Beschreibung der Forschungsfrage und die Kontaktinformationen des anfragenden Partners komplettieren die Anfrage, die allen beteiligten Biobanken zugeleitet wird. Der Connector, die Anfrageschnittstelle der lokalen Biobank, ruft Anfrage und Ergebnisse vor Ort ab. Diese Ergebnisse werden anschließend zusammen mit der Anfrage der für die Biobank verantwortlichen Person vorgelegt.

Schließlich entscheidet der Dateneigentümer darüber, wie mit der Anfrage zu verfahren ist. Wenn Daten bereitgestellt werden sollen, geschieht dies über den Negotiator, eine Kommunikationsplattform zwischen Forschern und Biobiobanken, auf der Probenanfrage und Datenzugriff in einem moderierten Prozess gesteuert werden. Der Antwortprozess kann für vertrauenswürdige Anfragende automatisiert werden, wenn der Dateneigentümer es wünscht. Dabei werden allerdings ohne seine ausdrückliche Zustimmung keine Daten geteilt.

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