Medizinische Informatik in der Translationalen Onkologie

Abteilung Medizinische Informatik in der Translationalen Onkologie

Prof. Dr. Frank Ückert

© dkfz.de

Unser Team arbeitet daran, hochkomplexe Daten in Wissen zu verwandeln, das bei der Bekämpfung von Krebs eingesetzt werden kann. Dazu arbeiten wir mit anderen Experten interdisziplinär zusammen und greifen auf deren Erfahrungen zurück.

Die Mitarbeiter der Abteilung „Medizinische Informatik in der Translationalen Onkologie“ (E240), oder kurz MITRO, entwickeln innovative Prozesse sowie maßgeschneiderte Methoden und Werkzeuge für Ärzte und Forscher, um heterogene Datenbestände für die Krebsforschung nutzbar zu machen, interdisziplinäre und internationale Kooperationen zu ermöglichen und komplexe Analysen zu vereinfachen.

Zu diesem Zweck arbeiten wir daran, Daten aus verschiedenen Quellen für denselben Patienten und/oder Probanden in ein IT-System zu integrieren, das wir als „Electronic Science Record“ (ESR) bezeichnen. Ein Bestandteil des ESR, der auch diverse Analysewerkzeuge wie MRI auf HANA von SAP, cBioPortal und tranSMART benutzt, ist unser Data Warehouse. Die hier gesammelten Daten, beispielsweise MR-Serien, vollständige Genomsequenzen und Phänotypbeschreibungen, kombinieren wir automatisch mit Informationen aus Veröffentlichungen und verschiedenen Datenbanken. Daraus wollen wir – über die Kenntnis von Modellen, aber auch über Algorithmen des maschinellen Lernens - klinische Entscheidungshilfen liefern und Forschungshypothesen entwerfen, aber auch zu einem tieferen Verständnis der Erkrankung beitragen.

Der Mehrwert, Dateninhaber und Methodiker zusammenzubringen, kommt molekularbiologisch tätigen Ärzten und Datenforschern zugute.

Unser Engagement gegen die Corona Pandemie im Rahmen der Taskforce "fightCOVID@DKFZ"

Kontakt

Prof. Dr. Frank Ückert
Medizinische Informatik in der Translationalen Onkologie (E240)
Deutsches Krebsforschungszentrum
Im Neuenheimer Feld 280
69120 Heidelberg
Tel: +49 6221 42-5101

Ausgewählte Publikationen

  • Storf H, Stausberg J, Kindle G, Quadder B, Schlangen M, Walter MC, Ückert F, Wagner TOF (2020): Patientenregister für Seltene Erkrankungen in Deutschland: Konzeptpapier der Strategiegruppe „Register“ des Nationalen Aktionsbündnisses für Menschen mit Seltenen Erkrankungen (NAMSE). Bundesgesundheitsblatt, Gesundheitsforschung, Gesundheitsschutz. 2020 May. doi:10.1007/s00103-020-03151-6.
  • Ahlbrandt J, Lablans M, Glocker K, Stahl-Toyota S, Maier-Hein K, Maier-Hein L, Ückert F. (2018): Modern Information Technology for Cancer Research: Whats in IT for Me? An Overview of Technologies and Approches. In: Oncology, 2018 Nov 15:1-7. DOI: 10.1159/000493638.
  • Lablans, Martin; Kadioglu, Dennis; Mate, Sebastian; Leb, Ines; Prokosch, Hans-Ulrich; Ückert, Frank (2016): Strategien zur Vernetzung von Biobanken. Klassifizierung verschiedener Ansätze zur Probensuche und Ausblick auf die Zukunft in der BBMRI-ERIC. In: Bundesgesundheitsblatt, Gesundheitsforschung, Gesundheitsschutz 59 (3), S. 373–378. DOI: 10.1007/s00103-015-2299-y.
  • Lablans, Martin; Borg, Andreas; Ückert, Frank (2015): A RESTful interface to pseudonymization services in modern web applications. In: BMC medical informatics and decision making 15, S. 2. DOI: 10.1186/s12911-014-0123-5.
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