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Zentrale Einheit für Genom und Proteom

Prof. Dr. Stefan Wiemann

© dkfz.de

Die biomedizinische Forschung setzt zunehmend globale Systembeobachtungen und funktionelle Studien ein. Hier sind häufig Analysen des gesamten Genoms oder Proteoms notwendig, um fundamentale Prozesse im Krankheitsbild zu studieren. Das sich rasch verändernde technologische Umfeld macht den Einsatz solcher Technologien in zentralen Infrastrukturen sinnvoll, damit die Kapazitäten mit geschultem Personal einem breiten Nutzerkreis für moderne Forschungsansätze zur Verfügung stehen. Hier liegt der Aufgabenbereich der Core Facility Genomik und Proteomik des DKFZ, die in vier Aufgabenbereiche gegliedert ist:

  • Im Genomik-Teil betreiben wir eine der größten next-generation Sequenziereinheiten Europas und führen unter anderem die Sequenzierung in mehreren nationalen und internationalen Projekten zur Analyse von Krebsgenomen durch. Array-basierte Technologien werden für die Charakterisierung der exprimierten Gene sowie für die Genotypisierung und für die Methylierungsanalyse von Genomen eingesetzt. Alle diese Technologien erlauben tiefe Einblicke in die molekularen Profile von Nukleinsäuren und deren Veränderungen im Verlauf einer Krankheit.
  • Im Proteomik-Teil werden aktuelle Technologien der Massenspektrometrie und NMR insbesondere für die qualitative und quantitative Analyse von Proteinen sowie von Proteinmodifikationen eingesetzt. Mit diesen Analysen können Aktivierungszustände von Signalproteinen im Verlauf einer Krebserkrankung untersucht werden, um z.B. Einblicke in die Mechanismen von Tumorerkrankungen zu erhalten.
  • Im Bereich Functional Genomics stellen wir monoklonale Antikörper gegen krebsrelevante Proteine her, die zum Teil bereits in der Diagnostik eingesetzt werden. Die in der Core Facility etablierte Authentifizierung und Kontaminationskontrolle von in der biomedizinischen Forschung eingesetzten Zelllinien gewinnt als wesentlicher Bestandteil der Qualitätskontrolle zunehmend an Bedeutung. Weiter stellen wir isogene Zelllinien her, mit denen Proteine und Proteinmutanten in vitro und in vivo exprimiert werden können und dann deren Wirkung funktionell untersucht werden kann.
  • Im Rahmen einer zentralen Infrastruktur betreiben wir einen Gerätepark, der durch die Core Facility betreut und den Nutzern des DKFZ zur Verfügung gestellt wird. Schließlich verfügt die Core Facility Genom und Proteom über die weltweit größte genomweite Ressource von klonierten humanen Genen und stellt diese im Haus für die Expression der kodierten Proteine zur Verfügung.

Um die angebotenen Services ständig auf aktuellem Stand zu halten, führen wir gemeinsam mit wissenschaftlichen Einheiten Projekte durch, in denen moderne Technologien in der Core Facility etabliert werden und die im Anschluss allgemein angeboten werden. Darüber hinaus ist die Core Facility in die Aus- und Fortbildung der Mitarbeiter des DKFZ eingebunden und informiert die Wissenschaftler des DKFZ über neueste Entwicklungen im Rahmen von "Tech-Talks", Seminaren und Kursen.

Als Service bieten wir Expressionsanalyse, GenotypisierungMethylierungsanalysenHochdurchsatz-Sequenzierung, ProteinanalyseStabile Isogene Rekombinante Zell-Linien, Monoklonale Antikörper, Klon und Vektor Repository und verschiedene Geräte zur Benutzung an. Auf dem wetlab wiki besteht die Möglichkeit, mit Kollegen Methoden auszutauschen und zu diskutieren.

Serviceeinheiten:

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