Abteilung Theoretische Bioinformatik

Prof. Dr. Roland Eils

Illustration des Phänomens der X-Chromosomen-Hypermutation (Jäger et al., 2013 Cell). Krebszellen weiblicher Patientinnen tragen erheblich mehr Mutationen (orange Dreiecke) auf dem inaktiven X-Chromosom (links) als auf dem aktiven X-Chromosom (rechts).
© dkfz.de

Mittels neuester Technologien zur DNA-Sequenzierung („next generation sequencing“) ist es heute möglich, die Genomsequenz eines Menschen (zum Beispiel von Tumorzellen eines Patienten) innerhalb eines einzigen Tages zu bestimmen. Dies erlaubt die Identifizierung von patientenspezifischen Mutationen im Zusammenhang mit der Krebsentstehung und erschließt große Möglichkeiten für präzisere Diagnosen als Grundlage von gezielteren und personalisierten Behandlungsmöglichkeiten. Weitere Technologien wie etwa die Analyse des Epigenoms, Transkriptoms, Proteoms oder Metaboloms liefern weitere Daten, die für diagnostische und Forschungszwecke genutzt werden können. Die Analyse dieser riesigen Datensätze, die durch die enormen technologischen Fortschritte bei der Datengewinnung in den letzten Jahren möglich geworden sind, stellt eine große Herausforderung dar. Ziel ist es, mit diesen Daten komplexe biologische Zusammenhänge besser zu verstehen.

Unsere Abteilung entwickelt computer-basierte Methoden zur Interpretation komplexer genomischer und anderer biologischer Daten und mathematischer Modelle zur Modellierung und Simulation biologischer Prozesse. Wesentliche Aktivitäten sind die Entwicklung von integrierten Bioinformatikansätzen für Management und Interpretation von Krebsgenomsequenzen und begleitenden klinischen Daten, die Anwendung von neuesten Technologien im Bereich des automatisierten Live-Cell Imaging und der Bildanalyse, experimentelle und theoretische Systembiologiestudien zur Analyse von zellulären Schlüsselmechanismen und deren Störungen in Krebszellen, sowie die Entwicklung von neuen Tools der synthetischen Biologie zur Manipulation von zellulären Prozessen. Zu diesem Zweck verwendet und entwickelt die Abteilung neue Methoden der Systembiologie und Systemmedizin, der automatisierten Bildverarbeitung, der hochaufgelösten und automatisierten Lichtmikroskopie, der Zellbiologie und der Bioinformatik.

weiter zur Abteilung

Kontakt

Prof. Dr. Roland Eils
Theoretische Bioinformatik (B080)
Deutsches Krebsforschungszentrum
Im Neuenheimer Feld 280
69120 Heidelberg
Tel: +49 6221 42 3601

Ausgewählte Publikationen

  • Bauer, T., et al. (2016). Environment-induced epigenetic reprogramming in genomic regulatory elements in smoking mothers and their children. Molecular Systems Biology, 12(3), 861. doi:10.15252/msb.20156520
  • Gu, L.*, Frommel, S.C.*, Oakes, C.C.*, Simon, R.*, (…) ICGC Project on Early Onset Prostate Cancer, Eils, R.@, Plass, C.@, & Santoro, R.@ (2015). BAZ2A (TIP5) is involved in epigenetic alterations in prostate cancer and its overexpression predicts disease recurrence. Nature Genetics, 47, 22-30. doi: 10.1038/ng.3165
  • Jäger, N., Schlesner, M., Jones, David T.W.,(…) and Eils, R.@ (2013). Hypermutation of the Inactive X Chromosome Is a Frequent Event in Cancer. Cell 155, 1-15. doi: 10.1016/j.cell.2013.09.042
  • Jones, D.T.*, Hutter, B.*, Jager, N.*, (…) Eils, R.@, Lichter, P. @, and Pfister, S.M.@ (2013). Recurrent somatic alterations of FGFR1 and NTRK2 in pilocytic astrocytoma. Nat Genet 45, 927-932. doi: 10.1038/ng.2682
nach oben