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Abteilung Epigenomik

Prof. Dr. Christoph Plass

© dkfz.de

Unsere Abteilung beschäftigt sich mit den molekularen Mechanismen, die malignem Zellwachstum zugrunde liegen. Großes Interesse gilt hierbei den epigenetischen Veränderungen während dieses Prozesses u. dem Zusammenwirken von epigenetischen u. genetischen Veränderungen in der Tumorgenese. Eine Herausforderung ist es, den Einfluss von "Umwelteinflüssen" auf Veränderungen des "Epi-Genoms" zu verstehen, sowie die Auswirkungen auf Entstehung, Verlauf und Schweregrad der bösartigen Erkrankungen sowie Behandlungsoptionen u. Therapieansprechen zu untersuchen. DNA-Methylierung ist einer der wichtigsten Eckpfeiler epigenetischer Modifikationen. Veränderungen von DNA-Methylierung finden sich sowohl bei normalen Entwicklungs- und Differenzierungsprozessen als auch in der Tumorentstehung. Unser Schwerpunkt bei der Analyse aberranter DNA-Methylierungsvorgänge liegt sowohl bei hämatologischen Neoplasien, insbesondere akuten myeloischen Leukämien u. chronisch lymphatischen Leukämien, als auch bei soliden Tumoren im Lungen- sowie Hals- und Kopfbereich. Aktuelle Ergebnisse zeigen, dass nicht zufällige, musterartige, Tumortyp-spezifische DNA-Methylierungsveränderungen in malignen Erkrankungen existieren. Hierbei konnten bereits einige neue, durch charakteristische DNA-Methylierungsveränderungen inaktivierte Zielgene identifiziert werden. Darauf basierend, ist es zunehmend möglich, spezifische epigenetische Veränderungen als Marker für Diagnose u. Verlauf bzw. Prognose von Erkrankungen zu verwenden.

Die Epigenetik entwickelt sich schnell und spielt eine Rolle in vielen Bereichen der Krebsforschung. Eine Herausforderung ist hierbei die Einbeziehung epigenetischer Fragen in andere Datensätze. Zum Beispiel beruhte das Profiling von Krebsgenomen in der Vergangenheit hauptsächlich auf der Beschreibung genetischer Veränderungen. Nun müssen epigenetische Datensätze integriert werden, um molekulare Defekte beim Krebs vollständig zu verstehen. Unsere Abteilung legt ihre Schwerpunkte auf die folgenden 4 Forschungsrichtungen:

  • Evaluierung von genomweiten epigenetischen Mustern
  • Identifizierung von neuen Krebsgenen und -pathways durch epigenetische Veränderungen
  • Bestimmung der Rolle, die die Epigenetik beim Krebsrisiko und -verlauf spielt
  • Evaluierung der Rolle, die die Epigenetik bei der Regulierung der DNA Reparatur spielt


Die weiterführenden Seiten sind derzeit nur auf Englisch verfügbar.

Kontakt

Prof. Dr. Christoph Plass
Epigenomik (B370)
Deutsches Krebsforschungszentrum
Im Neuenheimer Feld 280
69120 Heidelberg
Tel: +49 6221 42 3300

Ausgewählte Publikationen

  • Oakes CC, Seifert M, Assenov Y, Gu L, Przekopowitz M, Ruppert AS, Wang Q, Serva A, Koser S, Brocks D, Lipka D, Bogatyrova O, Mertens D, Zapatka M, Lichter P, Döhner H, Küppers R, Zenz T, Stilgenbauer S, Byrd JC and Plass C. Progressive epigenetic programming during B cell maturation yields a continuum of disease phenotypes in chronic lymphocytic leukemia. Nat Genet, 48(3):253-264, 2016.
  • Wang Q, Gu L, Adey A, Radlwimmer B, Wang W, Hovestadt V, Bähr M, Wolf S, Shendure J, Eils R, Plass C, Weichenhan D. Tagmentation-based whole-genome bisulfite sequencing. Nat Protoc, 8:2022-2032, 2013.
  • Brocks D, Schmidt CR, Daskalakis M, Jang HS, Shah NM, Li D, Li J, Zhang B, Hou Y, Laudato S, Lipka DB, Schott J, Bierhoff H, Assenov Y, Helf M, Ressnerova A, Islam MS, Lindroth AM, Haas S, Essers M, Imbusch CD, Brors B, Oehme I, Witt O, Lübbert M, Mallm JP, Rippe K, Will R, Weichenhan D, Stoecklin G, Gerhäuser C, Oakes CC, Wang T, Plass C. DNMT and HDAC inhibitors induce cryptic transcription start sites encoded in long terminal repeats. Nat Genet. 49: 1052-1060, 2017.
  • Gerhauser C, Favero F, Risch T, Simon R, Feuerbach L, Assenov Y, Heckmann D, Sidiropoulos N, Waszak SM, Hübschmann D, Urbanucci A, Girma EG, Kuryshev V, Klimczak LJ, Saini N, Stütz AM, Weichenhan D, Böttcher LM, Toth R, Hendriksen JD, Koop C, Lutsik P, Matzk S, Warnatz HJ, Amstislavskiy V, Feuerstein C, Raeder B, Bogatyrova O, Schmitz EM, Hube-Magg C, Kluth M, Huland H, Graefen M, Lawerenz C, Henry GH, Yamaguchi TN, Malewska A, Meiners J, Schilling D, Reisinger E, Eils R, Schlesner M, Strand DW, Bristow RG, Boutros PC, von Kalle C, Gordenin D, Sültmann H, Brors B, Sauter G, Plass C, Yaspo ML, Korbel JO, Schlomm T, Weischenfeldt J. Molecular evolution of early-onset prostate cancer identifies molecular risk markers and clinical trajectories. Cancer Cell 34: 996-1011, 2018.
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