Die wissenschaftlichen Aktivitäten im Deutschen Krebsforschungszentrum sind derzeit sieben Forschungsschwerpunkten zugeordnet. Die inhaltliche Ausrichtung und Finanzierung der Schwerpunkte orientiert sich an den übergreifenden Forschungsprogrammen der Helmholtz-Gemeinschaft. Die einzelnen Schwerpunkte unterteilen sich weiter in Abteilungen und Arbeitsgruppen.