Die Einrichtung eines nationalen Krebsforschungszentrums geht auf die Initiative des Heidelberger Chirurgen Prof. Karl Heinrich Bauer zurück. 1964 wurde das Deutsche Krebsforschungszentrum auf Beschluss der Landesregierung Baden-Württemberg als Stiftung des öffentlichen Rechts ins Leben gerufen. Ab 1975 war das Zentrum Mitglied in der Arbeitsgemeinschaft der Großforschungszentren. Diese wurde 1995 in die Hermann von Helmholtz-Gemeinschaft deutscher Forschungszentren umgewandelt. Seit 1977 gehört das Krebsforschungszentrum auch der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) an.