Epigenomik

Funktionelle und Strukturelle Genomforschung

Prof. Dr. Christoph Plass

Abteilungsleiter

Unsere Abteilung erforscht den Beitrag epigenetischer Veränderungen zu Krebs, von der Frage, wie epigenetische Veränderungen das Tumorwachstum fördern, bis hin zur Frage, wie sie Krebstherapien beeinflussen. Nicht-genetische Mechanismen der Therapieresistenz sind auf molekularer Ebene nur unzureichend verstanden und stellen einen ungedeckten klinischen Bedarf dar, den wir in verschiedenen Projekten angehen wollen.

Unsere Forschung

Die Abteilung für Krebsepigenomik konzentriert sich auf die Integration von epigenomischen, genetischen und transkriptomischen Daten, um epigenomische Veränderungen zu entschlüsseln, die zu bösartigen Erkrankungen des Menschen beitragen, wobei der Schwerpunkt auf akuter myeloischer Leukämie, chronischer lymphatischer Leukämie, Brust-, Lungen- und Prostatakrebs liegt. Eine veränderte epigenetische Regulierung der Genexpression durch Veränderungen der DNA-Methylierungsmuster, der Histonmodifikationen und der Positionierung der Nukleosomen wurde als tumorigener Mechanismus bei fast allen bösartigen Erkrankungen des Menschen identifiziert. Die epigenetische Genregulation durch Modulation der Enhancer-Aktivität wird heute als neues Konzept in der Krebsepigenomik anerkannt. Epigenetische Modifikationen verändern nicht die Gensequenz und bieten die vielversprechende Möglichkeit, sie durch Hemmstoffe epigenetischer Enzyme rückgängig zu machen. Unsere Arbeit stützt sich auf den Einsatz modernster Technologien, einschließlich genomweiter epigenomischer Profilerstellung gereinigter Zelltypen unter Verwendung von Low-Input-Protokollen, Einzelzelltechnologien, Long-Read-Sequenzierung und hochentwickelter computergestützter Analysen von Omics-Daten.

Die weiterführenden Seiten sind derzeit nur auf Englisch verfügbar.

Mitglieder

Prof. Dr. Christoph Plass

Abteilungsleiter

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Susanna Grenner

Sekretärin
Dr. Clarissa Gerhäuser

Group Leader Prostate Cancer Epigenomics
Dr. Maria Llamazares Prada

Group Leader Lung Cancer Epigenomics
Dr. Michael Scherer

Group Leader Computational and Single-Cell Epigenomics

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Dr. habil. Dieter Weichenhan
Dr. Fiona Brown

Postdoctoral Researcher
Maxime de Vrieze
Katherine Kelly

Doktorandin
Nan Zhang

Doktorandin
Elena Everatt

Doktorandin
Gizem Altun

Doktorandin
Kathleen Schlüter

Doktorandin
Sergio Manzano Sanchez

Technician
Marion Bähr

Technician
Peter Waas

Technician
Oliver Mücke

Technician
Thekli Paschali

Master Studentin
Luc Husemann

B. Sc. Student
Mohamad Chafia

Gesamtes Team

Ausgewählte Publikationen

2016 - Nat Genet, 48(3):253-264

Progressive epigenetic programming during B cell maturation yields a continuum of disease phenotypes in chronic lymphocytic leukemia

Oakes CC, Seifert M, Assenov Y, Gu L, Przekopowitz M, Ruppert AS, Wang Q, Serva A, Koser S, Brocks D, Lipka D, Bogatyrova O, Mertens D, Zapatka M, Lichter P, Döhner H, Küppers R, Zenz T, Stilgenbauer S, Byrd JC and Plass C

2018 - Cancer Cell 34: 996-1011

Molecular evolution of early-onset prostate cancer identifies molecular risk markers and clinical trajectories

Gerhauser C, Favero F, Risch T, Simon R, Feuerbach L, Assenov Y, Heckmann D, Sidiropoulos N, Waszak SM, Hübschmann D, Urbanucci A, Girma EG, Kuryshev V, Klimczak LJ, Saini N, Stütz AM, Weichenhan D, Böttcher LM, Toth R, Hendriksen JD, Koop C, Lutsik P, Matzk S, Warnatz HJ, Amstislavskiy V, Feuerstein C, Raeder B, Bogatyrova O, Schmitz EM, Hube-Magg C, Kluth M, Huland H, Graefen M, Lawerenz C, Henry GH, Yamaguchi TN, Malewska A, Meiners J, Schilling D, Reisinger E, Eils R, Schlesner M, Strand DW, Bristow RG, Boutros PC, von Kalle C, Gordenin D, Sültmann H, Brors B, Sauter G, Plass C, Yaspo ML, Korbel JO, Schlomm T, Weischenfeldt J

2021 - Nat Commun. 12: 6520

Epigenetic reprogramming of airway macrophages promotes polarization and inflammation in muco-obstructive lung disease

Hey J, Paulsen M, Toth R, Weichenhan D, Butz S, Schatterny J, Liebers R, Lutsik P, Plass C, Mall MA

2023 - Nat Commun. 14: 6731

DNMT and HDAC inhibition induces immunogenic neoantigens from human endogenous retroviral element-derived transcripts

Goyal A, Bauer J, Hey J, Papageorgiou DN, Stepanova E, Daskalakis M, Scheid J, Dubbelaar M, Klimovich B, Schwarz D, Märklin M, Roerden M, Lin Y, Ma T, Mücke O, Rammensee H, Lübbert M, Loayza-Puch F, Krijgsveld J, Walz JS, Plass C

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Progressive epigenetic programming during B cell maturation yields a continuum of disease phenotypes in chronic lymphocytic leukemia

Molecular evolution of early-onset prostate cancer identifies molecular risk markers and clinical trajectories

Epigenetic reprogramming of airway macrophages promotes polarization and inflammation in muco-obstructive lung disease

DNMT and HDAC inhibition induces immunogenic neoantigens from human endogenous retroviral element-derived transcripts

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